KEGG2SBML Opdrachtregelhulpprogramma kan SMGG-pathway-database-bestanden naar SBML converteren
Download nu

KEGG2SBML Rangschikking & Samenvatting

KEGG2SBML Tags

omzetter converteren conversie Converteer KEGG KEGG-conversie SBML-converter

KEGG2SBML Beschrijving

Opdrachtregelhulpprogramma kan KGGG PATHWAY-database-bestanden naar SBML converteren KEGG2SBML kan KEGG (Kyoto-encyclopedie van genen en genomes) Pathway-database-bestanden naar SBML converteren met behulp van de KEGG-ligand-database. De mogelijkheden van KEGG2SBML zijn momenteel beperkt tot het converteren van alleen KEGG-metabolische pathway-bestanden en geen andere typen KEGG-bestanden .Kgg2sbml kan de afgifte van KEGG-pathway-database 46.0 of hoger converteren. (Per vorige releases van KEGG-pathway-database zijn niet getest en mogelijk niet geconverteerd door KEGG2SBML.) KEGGG2SBML kan SBML-niveau 2 versie 2 en niveau 2 versie 3 genereren zonder annotaties die worden gebruikt door Celldesigner en niveau 1 en niveau 2 (versie 1), met of zonder annotaties.Note: KEGG2SBML heeft een licentie en gedistribueerd onder de voorwaarden van de GNU-bibliotheek of mindere General Public License (LGPL). Wat is er nieuw in deze release: Veranderingen in het parseren van KEGG-route: · KADGG PATHWAY Databse-release 46.0 of later kan worden geconverteerd. (Eerdere releases van Kgg Pathway-database worden mogelijk niet geconverteerd door KEGG2SBML-versie 1.5.0.) · Een ander formaatbestand (* .coorord) wordt ondersteund · Bestaand formaatbestand (* .Conf) wordt ook ondersteund. -O-optie kan worden gebruikt om dit formaat expliciet te gebruiken. · *. Coord-bestand wordt standaard geparseerd in plaats van * .Conf-bestand Veranderingen in het parseren KEGG-ligand: · Prestatieverbetering door een hash-tabel op te slaan om bestanden te cachen en deze cachebestanden te lezen in plaats van het parseren van Lignad-database-bestanden (ongeveer 10 keer sneller om Ligand-database te parseren) Wijzigingen in het schrijven SBML: · SBML-niveau 2 Versie 2 en niveau 2 Versie 3 worden ondersteund. (Momenteel worden de annotatietags van Celldesigner niet ondersteund met deze SBML-niveau / versie.) Toegevoegd opties: · '-R': Parse Ligand-database-bestanden in plaats van binaire cachebestanden in dezelfde map te lezen. (Standaard: lees cachebestanden (* .bin)) · '-O': parseer * .Conf-bestanden in plaats van *. Coord-bestanden Wanneer een mapnaam wordt gegeven als een argument of -eenoptie is ingesteld. (Standaard: parseer *. Coord-bestanden) · KGML wordt niet langer gebruikt uit deze release. · Andere kleine verbeteringen en oplossingen.

KEGG2SBML Gerelateerde software