MIDAS Gratis Microarray Data Analysis-systeem
Download nu

MIDAS Rangschikking & Samenvatting

MIDAS Tags

ontwerp analyse protocol ontwerpanalyse protocol analyse protocol ontwerper ontwerpprotocol

MIDAS Beschrijving

Gratis Microarray-gegevensanalysesysteem Microarray Data Analysisysteem is een gratis Java-applicatie die gebruikers een intuïtieve interface biedt om analyseprotocollen te ontwerpen die een of meer normalisatie- en filterstappen combineren. Op deze manier kunnen gegevens van vele individuele hybridisaties op een uniforme en reproduceerbare manier worden behandeld. Midas leest ".tav" -bestanden gegenereerd door Tigg Spotfinder of opgehaald via Madam uit de database. Normalisatiemodules omvatten lokaal gewogen lineaire regressie (Lowess; (Cleveland en Devlin, 1988; Yang et al., 2002)) en de totale normalisatie van de intensiteit. Deze kunnen worden gekoppeld aan filters, waaronder cut-off met lage intensiteit, intensiteitsafhankelijke z-scores-cutoffs en repliceren van consistentie-trimmen, waardoor een zeer aanpasbare methode is voor het bereiden van expressiegegevens voor latere vergelijking en analyse. Gegevensanalysemethoden worden geconstrueerd met behulp van een intuïtieve grafische scripttaal en kunnen worden opgeslagen voor toepassing op andere datasets. Midas biedt scatterplots die de effecten van elk algoritme op de gegevens illustreren. Wanneer de normalisatie- en filterstappen voltooid zijn, voert MIDAS de gegevens uit in TAV-formaat. Vereisten: · Java 1.4.1 of later

MIDAS Gerelateerde software