Macgde Een reeks programma's voor meerdere sequentie-uitlijning en -analyse.
Download nu

Macgde Rangschikking & Samenvatting

Macgde Tags

volgorde analyseren uitlijning Sequence-uitlijning sequentieanalyse externe analyse

Macgde Beschrijving

Een reeks programma's voor meerdere sequentie-uitlijning en -analyse. MacGde is een reeks programma's voor meerdere sequentie-uitlijning en -analyse. De programma's gebruiken een uitbreidbare gebruikersinterface die de toevoeging van externe analysefuncties mogelijk maakt zonder herschrijven van de code. Het systeem ondersteunt verschillende gegevenstypen, nucleïne- en aminozuursequenties, tekst en maskeringsequentie, en drie vormen van kleurmarkering. MacGDE heeft verschillende externe analysefuncties die zijn opgenomen voor dergelijke dingen als homologische herkenning, geautomatiseerde uitlijning, zoek- en fylogenetische analyse. Vereisten: · X11 vensteromgeving. Wat is er nieuw in deze release: · Vastgelopen de instelling van het vensterformaat, zodat MacGDE niet groter is dan het weergavescherm. · Toegevoegd "GDE volledige of basismenu's" onder het menu Bestand, zodat gebruikers GDE kunnen hebben zonder alle toevoegingen die ik heb gemaakt. Dit verwijdert de Pylogeny-menu's en veel andere programma's die ik heb toegevoegd. U kunt schakelen tussen het menu met twee, maar u moet een nieuw GDE-venster openen om de wijzigingen te bekijken. · Wijzigde de opdracht Import Foreign Format, zodat alleen de gegevens uit het bestand worden ingediend om het originele bestand alleen te verlaten. · Een kopie van het bestand dat eindigt met .gde is niet langer gemaakt. Er wordt nu een waarschuwing gegeven om te onthouden om het bestand te noemen met de opdracht Opslaan als ... Nadat u importeert. · Importerende buitenlandse indeling herkent nu clustal-formaatbestanden met behulp van Clustalw (moet aanwezig zijn) bij MacGde. · Een bekijk Chromat-sequentieopdracht toegevoegd om chromatogrammen in levensduur te bekijken. Dit gebruikt een paneel net als de opdrachten Openen en importeren om het bestand te lokaliseren en deze te openen. · Importeren van Chromat en bekijk Chromat-sequentiegegevens omgaan met spaties in de map (map) namen. · Maar de namen van de Chromat-bestanden kunnen geen spaties hebben. · Desoete Tree-bestanden eindigen nu in .TE, zodat TreeView X rechtstreeks opent. · Veranderde de MR. Bayes MCMC-instellingen voor het consensustype als "alle compatibele". · Dit komt nu overeen met de standaardinstellingen van Mr. Bayes en voegt vaak resolutie en ondersteuning toe aan knooppunten. · Onder PAUP is de multicPU gewijzigd in 2 of 4 CPU's. Omdat de meeste computers nu 2 of 4 CPU's hebben · Ik heb de run-opties gewijzigd, zodat de bootstraps automatisch kunnen worden uitgevoerd. Ik heb de handmatige optie verwijderd. Hopelijk zal dit het voor iedereen gemakkelijker maken om hun paup bootstraps sneller te laten doen. · Een overschrijf-database-functie toegevoegd aan de DNA Blast-databases Local en Beheer Protein Blast-databases Local onder het menu Sequence Management. Hiermee kunt u een volledige bestaande database vervangen. · Handig als u per ongeluk iets aan een database hebt toegevoegd, dit niet bedoelde. · Dit heeft hetzelfde effect als het verwijderen en vervolgens een database recreëren, maar net in één stap. Toevoeging van nieuw programma: · Parallelle Mr. Bayes (Phylogeny 1> MRBAYES3.1.2 RUN-opties) U kunt één processor kiezen (dit rijdt reguliere Mr. Bayes) of 2 of 4 processors (PMRBayes). U moet Mac OS 10,5 of beter laten werken om te werken en heeft 2 of 4 verwerkers. · PHYML 3.0 onder Phylogeny 2 gebruikt de Phylip-achtige interface. · Protest 2.1 onder Phylogeny 1 · Snap: synoniem niet-synoniem analyse-programma onder het DNA / RNA-menu. Dit programma berekent de synonieme en niet-synonieme substitutietarieven op basis van een set van codon-uitgelijnde nucleotidesequenties. · Synoniem of niet-synonieme afstandsboom (SNAP) onder het Phylogeny 2-menu. Dit maakt gebruik van SNAP om een DS- of DN-afstandsmatrix te genereren die kan worden geanalyseerd met het buurprogramma van het Phylip-pakket om bomen te maken. Updates voor andere programma's: · Blast is nu bij versie 2.2.20 · CAP2 (Sequence Management> Assembleer Contigs) onderhoudt nu de naam van de sequenties tot 50 tekens. · Phylip is nu bij versie 3.68

Macgde Gerelateerde software