Macklade MACKLADE - een software die is ontworpen voor fylogenetische analyse.
Download nu

Macklade Rangschikking & Samenvatting

Macklade Tags

analyse diagram maak diagram fylogenetisch fylogenetische analyse boomdiagram

Macklade Beschrijving

Macclade - een software ontworpen voor fylogenetische analyse. Macclade is een computerprogramma voor fylogenetische analyse geschreven door David Maddison en Wayne Maddison. De analytische sterkte is in studies van karakterevolutie.acceptatie heeft ook hulpmiddelen voor het produceren van boomdiagrammen en grafieken door gegevens en fylogenies in te voeren en te bewerken. Er zijn enkele belangrijke kenmerken van "Macclade": het bewerken van gegevens · Er zijn veel wijzigingen in de gegevenseditor van Macclade, Inclusief veel nieuwe weergavemodi en bewerkingshulpmiddelen. Sommige hiervan zijn algemeen, maar de meerderheid is ontworpen voor gebruik met moleculaire sequentiegegevens. Hier zullen we noemen van enkele van deze.display van data · er zijn veel opties voor hoe gegevens kunnen worden weergegeven. Hier zijn twee voorbeelden. · U kunt Macclade naar kleurgegevens vragen, zodat de patronen van staatsvariatie duidelijker zijn. · Met eiwitcodering nucleotidegegevens, kunt u de Macclade vragen om de aminozuurvertaling te tonen. Deze vertaling is "Live", in de zin dat wijzigingen in de nucleotiden, bijvoorbeeld door het gebruik van de uitlijnhulpmiddelen (zie volgende sectie), onmiddellijke updates voor de getoonde aminozuren zien. Toelen in de editor · in MacClade 3, er is Slechts één tool beschikbaar in de editor: de pijl. Macclade 4 heeft een toolpalet, met 17 toolsconssus-sequenties · Macclade 4 kan consensussequenties berekenen en weergeven. Er zijn verschillende opties voor de berekening, waardoor er een kunnen weergeven van consensussequenties van verschillende stringentie. · Lijst Windows en de selectie en manipulatie van objecten · In MacCLADY 3 is er een tekenstatusvenster dat de tekens en hun verschillende eigenschappen vermeldt. Dit is het venster waarin u de gewichten en typen van een personage kunt wijzigen. In Macclade 4 is het venster Karakterslijst veel verbeterd en er zijn nu ook gelijkwaardige ramen voor taxa, bomen, gewichtsets, type sets, inclusie-sets, tekensets en taxonets. In deze vensters kunt u deze objecten hernoemen, opnieuw rangschikken, verwijderen en wijzigen. Sintelacties met PAUP · Er zijn een aantal functies toegevoegd aan MacClade 4 om interacties tussen PAUP en MACCLAAD te verbeteren. Hier zijn drie voorbeelden: Nexus Block Management · U kunt nu verschillende Nexus-blokken manipuleren die zijn opgenomen in het gegevensbestand, inclusief PAUP-blokken. Hierdoor kan iemand opdrachten bewerken die PAUP zal verwerken wanneer het het bestand wordt uitgevoerd. Aronstraint bomen · U kunt Macclade vragen om de boom op het scherm te redden als een constrainteboom. Als u dit doet, slaat u het bestand op in Macclade en voer deze vervolgens opnieuw uit in PAUP *, de beperking is beschikbaar voor gebruik met de zoek- en filteringopdrachten van PAUP en filters.decay-index · Terwijl MACCLADY 4 geen vervalinindexen berekent (Bremer-indices ) zelf, het maakt een PAUP-bestand met de tekstopdrachten die nodig zijn om de vervalindex-waarden van alle bekleeders op de boom in het boomvenster van Macclade te berekenen. Als u dit bestand in PAUP uitvoert, voert PAUP alle relevante zoekopdrachten uit om vervalindexen te berekenen. Glimitaties: · Opslaan Uitgeschakeld Wat is er nieuw in deze release: · Toont een aantal onzekerheden of polymorfismen in het venster Taxonlijst.

Macklade Gerelateerde software