Mauve Constructen Global Multiple Alignments Of RangedRanged Genome Sequenties
Download nu

Mauve Rangschikking & Samenvatting

Mauve Tags

construeren uitlijning uitlijning construeren genoomsequentie rearanged genoom herschikken

Mauve Beschrijving

Constructeert wereldwijde meerdere uitlijningen van rearranged genoomsequenties Mauve is een systeem voor het efficiënt construeren van meerdere genoomuitlijningen in de aanwezigheid van grootschalige evolutionaire evenementen zoals herschikking en inversie. Meerdere genoomuitlijning biedt een basis voor onderzoek naar vergelijkende genomica en de studie van evolutionaire dynamiek op een nieuwe schaal. Het uitlijnen van hele genomes is een fundamenteel ander probleem dan het uitlijnen van korte sequenties.mauve is ontwikkeld met het idee dat een aligner met meerdere genoom alleen maar bescheiden computationele bronnen moet vereisen. Mauve maakt gebruik van algoritmische technieken die goed in de hoeveelheid reeks worden uitgelijnd. Voorbeeld kunnen een paar y. pestis-genomemen onder een minuut worden uitgelijnd, terwijl een groep van 9 uiteenlopende enterobacteriële genomen in een paar uur kan worden uitgelijnd. Wat is er nieuw in deze release: Nieuwe functies: · Compatibiliteit met oudere versies van Mac OS X Bugs gefixed: · SNP-uitvoer vereist nu gemengde case-sequentiebestanden en GAP-tekens · Aligner geheugengebruik is gestroomlijnd, wat resulteerde in verminderde geheugenvereisten voor uitlijningen met veel genomes · Fix voor bug die verhinderd in het herordening van Genbank-formaat ontwerp-genomen op de opdrachtregel · Een crash opgelost bij het genereren van moeders · Meld een fout wanneer sequenties die hiaten bevatten, worden gebruikt als invoer · Verwijder extra newlines in de ortholoog uitlijning · Fixed A OpenJDK Rechthoek Tekening Bug

Mauve Gerelateerde software