Modelfree Geschikt voor modelvrije parameters voor relaxatietarieven.
Download nu

Modelfree Rangschikking & Samenvatting

Modelfree Tags

gegevens parameter optimaliseren Optimaliseer parameters heteronucleaire gegevens Gegevens optimaliseren

Modelfree Beschrijving

Geschikt voor modelvrije parameters voor relaxatietarieven. Modelfree is een programma dat is ontworpen om de parameters 'Lipari-Szabo-modelvrije' te optimaliseren op heteronuclear relaxatiegegevens.modelfree is een programma om de uitgebreide modelvrije spectrale dichtheidsfunctie te passen op NMR-spin-ontspanningsgegevens. Het programma kan de spin-rooster ontspanningssnelheidconstante (R1), de SPIN-spin-ontspanningssnelheidconstante (R2) en het heteronuclear steady-state {1H} -x nucleair overhauser-effect (NOE) voor elke combinatie van 13C en 15N draait met maximaal vijf statische magnetische velden. Het algoritme veronderstelt dipolaire en chemische verschuiving anisotropy (CSA) ontspanningsmechanismen voor R1, R2 en de NOE en omvatten een additieve term om rekening te houden met chemische uitwisseling van R2. De uitwisselingsvergrotende parameter wordt kwadratisch geschaald ten opzichte van het statische magnetische veld als de gegevens voor meer dan één veld beschikbaar zijn. Beschrijvingen van de belangrijkste principes die worden gebruikt in het programma voor modelselectie, optimalisatie en foutenanalyse met Monte Carlo-simulaties zijn eerder gepubliceerd (Palmer et al., 1991; Mandel et al., 1995) .Modelfree bevat drie modellen voor rotatie diffusie. Brent's methode wordt gebruikt om een enkele wereldwijde M te optimaliseren voor een isotrope algehele diffusiemodel. De methode van Powell (zoals geïmplementeerd door Brent) of een gesimuleerd uitgloeiprotocol (op basis van de afdaling Simplex-methode) wordt gebruikt om een wereldwijde rotatie-diffusie-tensor te optimaliseren voor een axiaal symmetrisch diffusiemodel. Een lokale rotatietijd, mi, voor elke spin kan worden geoptimaliseerd door niet-lineaire minst vierkantenregressie. Andere interne modelvrije parameters (orderparameters, interne correlatietijden en chemische wisselkoers) zijn geoptimaliseerd door ingetogen niet-lineaire de minste vierkanten. Elke parameter kan op zijn ingangswaarde worden vastgesteld in plaats van geoptimaliseerde ND eenvoudige grenzen kunnen op elke parameter worden geplaatst. Monte Carlo-simulaties worden gebruikt om onzekerheden in modelvrije parameters te schatten en om statistische modelselectie uit te voeren op basis van F-testen. Een goede inleidende discussie over het gebruik van Monte Carlo-simulaties in foutanalyse wordt gegeven door Press et al. (Druk op et al., 1986). Wat is er nieuw in deze release: · Beëindigde ondersteuning voor SGI-platform. Alleen Linux en Mac OSX zijn op dit moment ondersteunde platforms. · Vaste beëindigingscriteria en gesimuleerde verdeling van F-statistische fout. · Een bug geïdentificeerd door Edward d'Auvergne die het minimalisatie-algoritme heeft veroorzaakt om ten onrechte te beëindigen nadat een mislukte optimalisatiestap is vastgesteld. · Een bug in de test voor de geëngageerde parameters kunnen worden geretourneerd naar de actieve set is vastgesteld. · Gewijzigd netwerk zoeken, zodat de exacte bovenste en ondergrenzen geen netzoekpunten zijn. · Maximaal aantal residuen werd verhoogd tot 300.

Modelfree Gerelateerde software