Molegro Virtual Docker Een geïntegreerd platform voor het voorspellen van eiwit - Ligand-interacties
Download nu

Molegro Virtual Docker Rangschikking & Samenvatting

Molegro Virtual Docker Tags

eiwit interactie interactie voorspellen Eiwit - ligand interactie voorspelling ligand

Molegro Virtual Docker Beschrijving

Een geïntegreerd platform voor het voorspellen van eiwit - Ligand-interacties Molegro Virtual Docker is een geïntegreerd platform voor het voorspellen van eiwit - Ligand-interacties. Molegro Virtual Docker verwerkt alle aspecten van het dockingproces uit de bereiding van de moleculen tot vaststelling van de potentiële bindingsplaatsen van het doel-eiwit, en voorspelling van de bindingsmodi van de Ligands.Molegro Virtual Docker biedt de gebruiker van hoge kwaliteit Docking op basis van Een nieuwe optimalisatietechniek in combinatie met een gebruikersinterface-ervaring die zich richten op productiviteit en bruikbaarheid. De Molegro Virtual Docker (MVD) is aangetoond dat deze hogere dockingnauwkeurigheid oplevert dan andere state-of-the-art docking-producten (MVD: 87%, glijd: 82%, SURFlex: 75%, FLEXX: 58%). Opmerking: om de applicatie te downloaden, moet u een gratis proefperiode aanvragen en de proeflicentiesleutel opslaan. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "Molegro Virtual Docker": Molecuul import en voorbereiding: · Het is gemakkelijk om moleculen te importeren en te bereiden. · Moleculaire structuurbestanden worden geparseerd in relevante componenten (liganden, cofactors, watermoleculen en eiwitten) en kunnen automatisch worden voorbereid. · Het parseren van waarschuwingen en fouten worden getoond in een handige hiërarchie. · De ingebouwde holtedetector identificeert veelbelovende bindende locaties, waardoor het mogelijk is om de zoekruimte tot de meest interessante regio's te beperken. · Een wizard met een protonatie biedt u de mogelijkheid om potentiële protonatiedoelstellingen (bijvoorbeeld histidine-residuen) snel te identificeren en hun protonatietoestand snel te wijzigen met behulp van een contextmenu. Docking: Het dockingproces wordt beheerd via de dockingwizard. Met de wizard kunt u: · Selecteer welke structuren in de simulatie worden opgenomen. · Kies het potentiële bindende regio (MVD zal automatisch potentiële bindende zakken weergeven). · Configureer zoekalgoritme-eigenschappen en stel clustering en gegevensregistratie in. · Beheer extra beperkingen. · Inspecteer waarschuwingen over onwaarschijnlijke voorbereidingen en ontbrekende structurele informatie (bijvoorbeeld onbekende residuen). Analyse: · Met de pose-organizer kunt u door de aanzetmotor bladeren door de poses. Het is in staat om te laden, houdingen van een docking-run dynamisch, waardoor het mogelijk is om duizenden liganden te bladeren. · Het is mogelijk om de verschillende energievoorwaarden en interacties te inspecteren en het is ook mogelijk om de meer geavanceerde reranking- en bindende affiniteitsmaatregelen te berekenen. Waterstofbindingen en elektrostatische interacties worden dynamisch bijgewerkt bij het schakelen tussen poses. Volgorde en structuurvisualisatie: · Met de sequence-viewer kunt u de resten in een eiwit snel identificeren en selecteren. · De beeldverhaalvisualisatie benadrukt de verschillende regio's van de secundaire structuur. Beperkingen: · Verschillende beperkingen maken het mogelijk om het energielandschap te veranderen (bijvoorbeeld door bepaalde regio's van de zoekruimte te belonen) of om bepaalde interacties te forceren of te voorkomen. · Beperkingen kunnen worden gedefinieerd op basis van chemische eigenschappen (b.v. waterstof obligaties acceptanten of ringatomen) of individuele atomen kunnen voor elk ligand worden opgegeven. Data Analyzer: · De Data Analyzer in MVD kan regressiemodellen maken (ofwel neurale netwerken of meerdere lineaire regressie), statistische maatregelen uit te voeren en gegevens visualiseren. · Voorspel numerieke eigenschappen van gekoppelde verbindingen van MVD-docking-runs. Door de gebruiker gemaakte modellen kunnen direct in de pose-organizer worden aangebracht. · Creëer regressiemodellen met behulp van geïmporteerde numerieke descriptors (b.v. van software van derden). · Keuze voor het vinden van de relevante descriptoren. · Algebraïsche data-transformation-plug-in voor het manipuleren van descriptoren of het maken van afgeleide descriptoren. · 1D Percelen (histogrammen), 2D-plots (X-Y-plots) en 3D-percelen. · Diverse statistische maatregelen. Siechain flexibiliteit: · In MVD wordt de flexibiliteit van de Silechain geïmplementeerd door het potentieel te verzachten tijdens de docking (door de tolerantie van de PLP-potentialen te verhogen of door de geselecteerde SUPPERS-interacties te verzwakken), dokt u een diverse set van poses en optimaliseert u ten slotte de configuraties van de siechtain. Het is ook mogelijk om een receptorstructuur handmatig te minimaliseren. · Nadat de docking-simulatie is voltooid, kunnen de gevonden poses tegelijkertijd worden geïnspecteerd met hun overeenkomende receptorconformatie rechtstreeks in de pose-organisator. Sjabloon docking: MVD maakt het mogelijk om liganden tegen dockingjablonen te dokken. Vergelijkbaar met farmacophores, worden sjablonen gebouwd van relevante chemische eigenschappen (zoals lading- en waterstofbindingsmogelijkheden) en kunnen automatisch worden gegenereerd uit een of meer ligand-conformaties. Sjablonen kunnen op verschillende manieren worden gebruikt: · Om een aantal liganden uit te lijnen (en een score te bepalen voor hun gelijkenis). · Om de docking-simulatie te focussen of te begeleiden door de Sjabloon-gelijkenisscore te combineren met een op receptor gebaseerde docking-scoringsfunctie. · Om een fijnkorrelige gelijkenisscore uit elk sjabloonpunt te extraheren en een regressiemodel te maken met behulp van de gegevensanalysator (3D QSAR). Andere mogelijkheden: · Draait op Mac (PowerPC en Intel), Linux (32-bits en 64-bits) en Windows-machines. · Extensibel en aanpasbaar macrosysteem met ingebouwde editor. · Aanpasbare moleculaire oppervlakken en ruggengraatrepresentatie. · Biomolecuul-generator voor PDB-bestanden met symmetr-transformatieinformatie. · Geavanceerde tekstetikettering voor verschillende moleculaire eigenschappen. · Online hulp en automatische controle voor updates. · MVD kan worden geschreven met behulp van de eigen scriptaal of door externe scripting-talen (een python wrapper is inbegrepen). · Stel modifier voor het handmatig aanpassen van poses. Beperkingen: · 30 dagen proefperiode. Wat is er nieuw in deze release: · Een implementatie van de scorefunctie van de planten, verkrijgbaar in zowel een raster als een niet-rasterversie. · Een nieuw docking-zoekalgoritme, geopende simplex, met een optionele adaptieve bemonsteringsstrategie op basis van het mierkolonie-optimalisatie-algoritme. · Molegro virtueel raster. Een nieuwe infrastructuur voor het distribueren van docking-runs. · Een nieuw ingebouwde RAYTRACER waardoor het mogelijk is om publicatiekwaliteitsafbeeldingen te maken. · Kleine verbeteringen in de gebruikersinterface en bugfixes (zie Release-opmerkingen voor details).

Molegro Virtual Docker Gerelateerde software