Molkel Een gratis en open source Molecularisualisatie-applicatie voor uw Mac
Download nu

Molkel Rangschikking & Samenvatting

Molkel Tags

visualiseren visualisator visualiseren molecuul molecuul Molecuul Visualizer molecule visualisatie

Molkel Beschrijving

Een gratis en open source moleculaire visualisatie-applicatie voor uw Mac Molkel is een open source, eenvoudig te gebruiken en gratis multi-platform moleculair visualisatieprogramma. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "Molkel": · Lees moleculaire gegevens uit verschillende bestandsindelingen · Display moleculen met verschillende stijlen: ruimtevol, bal en stok, bal en draad, stok, backbone (residuen), lint (residuen), schema (residu) · Verander de atoom- en obligatiegrootte · Lees Atom-kleuren uit het bestand · Display dipoolmoment (voor moleculaire indelingen met deze informatie) · Animeer atomen met behulp van de traject- en trillingsinformatie die beschikbaar is in sommige bestandsindelingen · Animate moleculen lezen van multi-frame PDB- en XYZ-bestanden · Pijlen weergeven om de snelheid en bewegingsrichting van elk geanimeerd atoom weer te geven · Animate moleculaire oppervlakken (tijdens het exporteren van amimatie) · Voer afstands- en (dihedral) hoekcomputaties uit · Gebruik een vlakke sonde om Scalar-velden (bijvoorbeeld elektrostatisch potentieel) te visualiseren en de waarde van het scalaire veld op een specifiek punt in 3D-ruimte weer te geven. · Visualiseer moleculaire orbitale iso-oppervlakken die optioneel worden gecodeerd met elektrostatisch potentieel. · Visualiseer oppervlakken die zijn gegenereerd uit dichtheidsmatrix die optioneel worden gecodeerd met elektrostatische potentiaal. · Visualiseer oppervlakken van rastergegevens (in Gaussian Cube-formaat of gelezen van ADF TAINT41-bestanden), optioneel gecodeerd met elektrostatisch potentieel. · Soepele oppervlakken gegenereerd uit rastergegevens (Gaussian .cube) met Laplaciaanse afvlakking · Gebruik rastergegevens lezen van .cube-bestanden als moleculair elektrostatisch potentieel om op SAS- en SES-oppervlakken aan te brengen · Bereken oplosmiddel toegankelijk oppervlak als iso-oppervlak optioneel kleurgecodeerd met elektrostatische potentieel. · Bereken en weergave oplosmiddel uitgesloten oppervlak, optioneel met M.F. Sanner's MSMS-programma (ten zeerste aanbevolen), haal het hier · Molecuul exporteren naar een aantal moleculaire bestandsindelingen · Exporteren naar POV (experimenteel, via Openbabel) · Exporteren naar TIFF, PNG, PostScript en PDF · Programmeerbare shaders (GLSL) -ondersteuning · Visualisatie van stralingsspectra (infrarood en raman) · Hoogwaardige multi-pass rendering met anti-aliasing en correct weergave van meerlagige transparante oppervlakken · Blending van vibrationele modi Wat is er nieuw in deze release: · Ondersteuning toegevoegd voor diepte peeling voor het juiste weergave van transparante objecten; vereist een OpenGL 2.0-kaart en werkt mogelijk niet goed op sommige systemen. Diepte peelingparameters die van invloed zijn op de rendering van snelheid / kwaliteit van transparante objecten kunnen worden ingesteld via het dialoogvenster Display-> Bekijk eigenschappen. · Toegevoegd perceel van infrarood en Raman-spectra met PostScript- en PDF-uitgang · Geïntegreerd met VTK 5.1 (CVS-versie sinds er nog geen officiële release is) · Ondersteuning toegevoegd voor anti-aliasing, standaard uitgeschakeld; kan worden ingeschakeld via het dialoogvenster Eigenschappen DISPLAY-> HERZICHTEN. · Het is nu mogelijk om transparantie en kleuren van orbitale oppervlakken te veranderen. · Ondersteuning toegevoegd voor aanhoudende instellingen in het oppervlak van de elektronendichtheid. · Nieuwe röntgenschakeringen toegevoegd die goed werken met VTK 5.1. Fouten oplossen: · 392 - Ondersteuning toevoegen voor Multi-Molecuul GameSess-invoer · 401 - Kan het Connolly-oppervlak niet verwijderen · 403 - Ondersteuning van opdrachtregel · 404 - Fout bij het lezen van moleculaire orgebitale gegevens · 405 - Transparantie niet consistent voor beide orbitale kleuren (afhankelijk van specifieke kaart / stuurprogramma) · 406 - Animatie loopt na het verwijderen van het molecuul · 408 - Feature-aanvraag: Start Orbital Index vanaf nul · 420 - Instellingen die niet worden opgeslagen bij het sluiten van venster · 421 - Oppervlak van rastergegevens: verstreken tijdrapport verkeerd · 422 - kan animaties niet opslaan met transparante SES

Molkel Gerelateerde software