Oligocheck
Download nu

Oligocheck Rangschikking & Samenvatting

Oligocheck Tags

controleren kwaliteit sonde Controleer kwaliteit fylogenetische sondekwaliteit kwaliteitscontrole

Oligocheck Beschrijving

Software voor het controleren van de kwaliteit van fylogenetische sondes en primer sets OligoCHeck is een open source-software voor het controleren van de kwaliteit van fylogenetische sondes en primer-set. Het vermogen van nucleïnezuurprimer-sets en sondes om uitsluitend te binden aan de juiste nucleïnezuursequentie is van fundamenteel belang voor de nauwkeurige targeting van specifieke fylogenetische groepen. Een dergelijke specificiteit hangt grotendeels af van de uniciteit van het gebied van nucleïnezuursequentie die dit oligonucleotiden-doelwit is. Hoe unieke de regio, hoe robuuster de primer set of sonde alleen in uitgloeien van het beoogde doelwit, zelfs als variaties in uitgloeiingstemperatuur en andere biochemisch relevante parameters resulteren in de oligonucleotiden die met succes binden met doelen met een of meer basisverschillen. Aldus kan een robuuste primerset of -sonde worden bekeken als een die uitsluitend is die uitsluitend is voor het beoogde doel, zelfs wanneer een of meer mismatches zijn toegestaan.OligoKeck is ontworpen om deze robuustheid te beoordelen, door een primer set of het fylogenetische assortiment van de primer set of probe te beoordelen als het aantal Basismismatches met potentiële doelvolgorde neemt toe. De gebruiker levert een primerset of sonde om te controleren, samen met een database van nucleïnezuursequenties. OligoCHeck controleert de primerset of de sonde tegen elke relevante record in de database en neemt toe of er overeenkomsten optreden met een toenemend aantal standaardmismatches toegestaan. De resulterende analyse wordt weergegeven in een grafische vorm naast de sequentie-recordgegevens. Vereisten: · Java 1.4 of later

Oligocheck Gerelateerde software