Open Een open-source framework voor massaspectrometrie
Download nu

Open Rangschikking & Samenvatting

Open Tags

beheren kader spectrometrie framework LC / MS Gegevensbeheer LC / MS-gegevensanalyse spectrometrie

Open Beschrijving

Een open-source framework voor massaspectrometrie OpenMS is een gratis en open-source software C ++ -bibliotheek die u zal helpen bij LC / MS-gegevensbeheer en -analyse. OpenMS biedt een infrastructuur voor de ontwikkeling van massaspectrometrie gerelateerde software .Openms dekt een breed scala aan functionaliteiten die nodig zijn voor softwareontwikkeling als het gaat om de analyse van hoge doorvoer eiwitscheiding en massaspectrometrie gerelateerde gegevens. Signaalverwerking: · Hoge doorvoeranalyse van eiwitten met behulp van massaspectrometrie vereist een efficiënte signaalverwerking die de hoeveelheid gegevens vermindert met minimaal verlies van informatie. Pieken moeten worden gedetecteerd, en belangrijke kenmerken zoals hun piekcentroid-positie, de hoogte en het gebied moeten worden bepaald. · Voor piekplukken stellen we een op wavelet gebaseerd schema voor de verwerking van massaspectrometrie-gegevens die kunnen omgaan de moeilijkheden van toepassingen in proteomica. · Vaak worden verschillende voorbewerkingsstappen toegepast op onbewerkte gegevens vóór de eigenlijke pieknoppen. OpenMS ondersteunt ook baseline-reductie en ruisfilteren van onbewerkte gegevens. Feature Finding: · Na de eerste gegevensreductie door piekplukken, is onze aanpak om de hoeveelheid gegevens nog verder te verminderen. · Dit wordt gedaan door alle pieken te bepalen die behoren tot dezelfde 'functie' (een chemische entiteit, bijvoorbeeld een peptide-lading variant) en het aanpassen van een theoretisch model aan hen. Een kwaliteitswaarde wordt toegewezen aan elke functie met betrekking tot de meting in elke dimensie van karakterisering, b.v. Het elutieprofiel (retentietijd) en isotoop-distributie (massa-to-charge). · De functies worden vervolgens gebruikt voor labelvrije en isotoop-gelabelde kwantificering. Visualisatie: · OpenMS kan HPLC-MS-gegevens in verschillende verschillende weergaven visualiseren. Enkele scans kunnen in een 2-dimensionale plot worden weergegeven. De meer complexe kaarten kunnen worden weergegeven in een 2D-weergave (vogelsoogmening met kleurcode-intensiteiten) en zelfs in een 3D-weergave. De representaties van de gegevens zijn zeer configureerbaar en kunnen dus in veel toepassingen worden hergebruikt. · De afbeeldingen aan de rechterkant zijn screenshots van 'Toppview', een MS-gegevensviewer die deel uitmaakt van Topp. Kaartmapping: · Veel proteomics-experimenten bestaan uit verschillende HPLC-MS-runs. De runs moeten worden uitgelijnd om te corrigeren voor problemen in chromatografie. Kaartmapping is het proces waarbij kaarten van pieken of kenmerken uit verschillende metingen zijn gesuperponeerd. · De eerste stap is om een transformatie te vinden die de functies van de ene kaart in de buurt van de overeenkomstige functies in de andere verplaatst. Een standaard geometrische hashing-aanpak is in de meeste gevallen voldoende. · In de tweede stap bepaalt het een combinatorische matching- en extractgroepen van overeenkomstige functies voor differentiële analyse. Identificatie: · De identificatie van peptiden en eiwitten is een van de hoofdtaken in Proteomics Research. OpenMS kan de gegevensindelingen van de meest populaire identificatiemotoren lezen en schrijven, b.v. Sequest, Mascot, OMSSA, X! Tandem. Gegevensstructuren voor die winkel De gegevens voor verdere analyse van identificatieresultaten zijn beschikbaar. · OpenMS kan b.v. Filter de identificatieresultaten, bereken consensusresultaten van verschillende identificatiemotoren. Bovendien kunnen de identificaties worden gevalideerd met behulp van retentietijdvoorspelling. Database-ondersteuning: · Hoge doorvoertechnologieën in moderne proteomica resulteren in veel gegevens die moeten worden geannoteerd, geanalyseerd en opgeslagen. De enorme hoeveelheid gegevens maakt database een essentieel kenmerk van bijna elke proteomics-applicatie.Openms biedt database-ondersteuning via de QT SQL-module, die het gebruik van een verscheidenheid aan verschillende SQL-databases mogelijk maakt. · Het databasemodel van OpenMS conformeert zoveel mogelijk naar het HUPO PSI-OM-model.

Open Gerelateerde software