Orfprimer ORFPRIMER - Java-applicatie voor automatische primerontwerp
Download nu

Orfprimer Rangschikking & Samenvatting

Orfprimer Tags

volgorde grondverf primer ontwerp bereken PCR-primer opslag sequentie pc

Orfprimer Beschrijving

Orfprimer - Java-applicatie voor automatische primerontwerp Orfprimer is een Java-aanvraag voor automatische primerontwerp. Het is gebaseerd op onze eerder vrijgegeven software-orfer die het Genbank XML- en Fasta-sequentie-formaat leest. Eiwitsequenties worden meestal gedownload door simpelweg de GI-ID of het toetredingsnummer van het overeenkomstige eiwitdoel te specificeren. Orfer zal het open leesframe uit de gevraagde eiwitsequenties extraheren en het weergeven. Oorfprimer berekent automatisch PCR-primers voor deze sequenties. De afhandeling van Orfprimer is intuïtioneel en vrij eenvoudig met behulp van de standaardinstellingen. Daarnaast biedt het vele mogelijkheden om de berekeningsopties voor en ook na de berekening van de primers te wijzigen, zoals: · verschuiving van de positie van de primers, · Wijziging van de gewenste smelttemperatuur, · Wijziging van de restrictiesites in de primers-sequenties. Dit Way Orfprimer combineert aanpassingsvermogen en gemak in één programma dat het een krachtige softwaretool maakt.Orfprimer biedt een database-interface waarmee de opgehaalde sequenties in een lokale SQL-database kunnen opslaan. Deze database kan worden ingesteld met behulp van de scripts van het Orfprimer-installatiepakket. Op dit moment worden MySQL, Oracle en Microsoft Access ondersteund. Er zijn enkele belangrijke kenmerken van "ORFPRIMER": eenvoudig gebruik: · Orfprimer is bijna zelfverklarend · De grafische gebruikersinterface (GUI) SimplyFies De handling Compatibiliteit: · Orfprimer is geïmplementeerd In Java · Orfprimer is een platformonafhankelijk · Orfprimer kan worden uitgevoerd op verschillende machines: Windows, Linux, Mac, Unix, ... Online bereikbaarheid: · De Java Web Start-technologie maakt het mogelijk om Orfprimer via internet te starten · Expliciete download- en installatieprocedure nodig. Gegevensbeheer: · ORFPRIMER bevat hulpmiddelen om uw eigen database in te stellen. · Tegelijkertijd (MySQL, Oracle en Micosoft Access) worden ondersteund. · Als alternatief kunnen de gegevens worden geschreven naar bestanden (bijv. Fasta-indeling). Hoge doorvoercomputer: · Orfprimer Wordt gebruikt om primers te berekenen voor maximaal duizenden doelsequenties. · Deze procedure kan verder worden geautomatiseerd door de doelen te lezen via tekstbestanden.

Orfprimer Gerelateerde software