Padel-Descriptor Berekent moleculaire descriptors en vingerafdrukken
Download nu

Padel-Descriptor Rangschikking & Samenvatting

Padel-Descriptor Tags

berekenen vingerafdruk descriptor Descriptor Calculator vingerafdruk rekenmachine

Padel-Descriptor Beschrijving

Berekent moleculaire descriptors en vingerafdrukken Padel-Descriptor is een Java-software die moleculaire descriptors en vingerafdrukken kan berekenen. Padel-Descriptor berekent momenteel 404 descriptors (2701D, 2D-descriptors en 1343D-descriptoren) en 7 soorten vingerafdrukken (de huidige standaard berekent alleen de pubchemset van vingerafdrukken). De descriptoren en vingerafdrukken worden berekend met behulp van de Chemistry Development Kit met enkele interne toevoeging voor elektrotopologische descriptors.usage: · Selecteer de map met de structurele bestanden van de moleculen. Meest voorkomende bestandsindelingen (bijvoorbeeld MDL Mol, Smiles, PDB) worden ondersteund, maar het aanbevolen bestandsindeling is MDL MOL. · Selecteer een bestand om de berekende descriptors op te slaan. De descriptoren worden opgeslagen in het bestandsindeling van de komma's gescheiden waarde (CSV). De eerste rij is de header rij. Daaropvolgende rijen bevatten de berekende descriptoren voor één molecuul per rij. De eerste kolom is de naam van de molecuul, die is verkregen uit het structurele bestand of autogenerated (wordt voorafgegaan met autogen_ gevolgd door de bestandsnaam). Daaropvolgende kolommen zijn de descriptors voor de moleculen. · Controleer de optie "1D en 2D" als u 1D- en 2D-descriptoren wilt berekenen. · Controleer de optie "3D" als u 3D-descriptoren wilt berekenen. · Controleer de optie "Vingerafdrukken" Als u vingerafdrukken wilt berekenen. · Controleer de optie "Zout verwijderen" als u zouten zoals NA, CL uit het molecuul wilt verwijderen vóór berekening van descriptors. Het is beter om zouten uit het molecuul te verwijderen met behulp van uw eigen middelen dan om op deze software te vertrouwen om de taak te doen. · Controleer de optie "waterstof toevoegen" als u expliciete hydrogenen wilt toevoegen, die vereist zijn door een aantal descriptor-berekening van algoritmen, vóór berekening van descriptors. Het is beter om expliciete hydrogenen toe te voegen met behulp van uw eigen middelen dan om op deze software te vertrouwen om de taak te doen. · Controleer de optie "Convert to 3D" als u het molecuul naar 3D wilt converteren vóór berekening van descriptors. Het is beter om het molecuul naar 3D te converteren met behulp van uw eigen middelen dan om op deze software te vertrouwen om de taak te doen. · Voer een waarde (groter dan 0) in voor de optie "MAX COMMENTS per bestand" als u het maximale aantal wilt beperken van verbindingen die moeten worden opgeslagen in een Descriptor-bestand. Dit is handig voor het beperken van de grootte van een Descriptor-bestand en kan helpen om te voorkomen dat de descriptorberekening wordt verwijderd vanwege het schrijven van nieuwe descriptorwaarden op een groot descriptorbestand. · Als u de typen descriptors of vingerafdrukken wilt selecteren die worden berekend , u kunt het Descriptors.xml-bestand bewerken dat in dezelfde map aanwezig is als het Padel-Descriptor.jar-bestand. Wijzig gewoon het kenmerk 'Waarde' van een descriptor naar 'TRUE' om het in te schakelen en 'false' om het uit te schakelen. Degenen die deze software uitvoeren die Java Web Start gebruiken, moeten Descriptors.xml downloaden, bewerken en het bestand laden met het menu "File-> Load Descriptor Types". Vereisten: · Java 1.6 of later Wat is er nieuw in deze release: · Fixed Bug die Java-uitzonderingsfouten veroorzaakt als bestand om descriptors op te slaan om geen bestandsextensie te hebben.

Padel-Descriptor Gerelateerde software