Pdb2pqr Een geautomatiseerde pijplijn voor de installatie, uitvoering en analyse van de berekeningen van Poisson-Boltzmann elektrostatica
Download nu

Pdb2pqr Rangschikking & Samenvatting

Pdb2pqr Tags

converteren pdb pdb-converter PDB naar PQR eiwitbestand converteren Eiwitbestand

Pdb2pqr Beschrijving

Een geautomatiseerde pijplijn voor de installatie, uitvoering en analyse van de berekeningen van Poisson-Boltzmann elektrostatica PDB2PQR is een open source en gratis Python-softwarepakket dat veel van de gemeenschappelijke taken van het voorbereiden van structuren voor Continuüm elektrostatica-berekeningen automatiseert, met een platformonafhankelijke hulpprogramma voor het converteren van eiwitbestanden in PDB-indeling naar PQR-indeling. Deze taken omvatten: · Het toevoegen van een beperkte taken Aantal ontbrekende zware atomen aan biomoleculaire structuren · Bepalende zijsteketen PKA's · het plaatsen van ontbrekende hydrogenen · het optimaliseren van het eiwit voor gunstige waterstofbinding · Toewijzing- en radiusparameters toewijzen van een verscheidenheid aan krachtvelden Vereisten: · Python Wat is er nieuw in deze release: Nieuwe functies: · Bijgewerkte HTML / MASTER-INDEX.HTML, verwijderde HTML / index.php. · Bijgewerkte pydoc door genypypydoc.sh te gebruiken. · Een whitespace-optie toegevoegd door het plaatsen van witvakken tussen ATOM-naam en residuenaam, tussen x en y, en tussen y en z. · Radius toegevoegd voor chloor in Ligff.py. · Toegevoegd Peoepb ForciField, data van Paul Czodrowski. · Bijgewerkte invoer.py om het elektrostatische potentieel voor APBS-invoerbestand op te schrijven. · Bijgewerkte charmm.dat met twee sets fosfoserine-parameters. · Toegestane aminozuurketens met slechts één residu, met behulp van de optie - alleen. · Bijgewerkte server.py.in zodat de ligand-optie ook wordt vastgelegd in Gebruik.Txt. · Bijgewerkte He21, He22 coördineert in GLN volgens de resultaten van Amber Leap Program. · Bijgewerkte makefile.am met Manuel Prinz's patch (verwijderde distclean2 en assisteerde zijn inhoud aan distclean-local). · Bijgewerkte configure.ac, pdb2pqr-opal.py; Appservice_client.py en appservice_types.py toegevoegd met Samir Unni's wijzigingen, die eerder problemen in het aanroepen van opaaldiensten zijn vastgesteld. · Toegepaste twee patches van Manuel Prinz naar PDB2PKA / PMC_MULT.H en PDB2PKA / Ligand_topology.py. · Bijgewerkte parse.dat met de bron van parameters. · Een bijdrage map gemaakt met Numpy-1.1.0-pakket. PDB2PQR installeert standaard TUBY Tenzij een van de volgende voorwaarden is voldaan: Werkversie van Numpy Docented door Autoconf. B. Gebruikers verzoekt geen installatie met --Disable-PDB2PKA-optie. C. Gebruiker specificeert externe numpy-installatie. · Samengevoegde Samir Unni's tak. Nu zijn PDB2PQR OPAL en APBS OPAL-services beschikbaar (via - met-opaal en / of - - APBS, - met-apbs-opaalopties bij het configureren van fase). · Toegevoegd foutmelding voor residuenaam langer dan 4 tekens. · Bijgewerkt Hbond.py met Mike Bradley's definities voor ange_cutoff en dist_cutoff standaard. · Verwijderde PYXML-0.8.4, wat niet vereist is voor ZSI-installatie. · Bijgewerkte propka-foutmelding voor Make Adv-Test - Propa vereist een versie van Fortran Compiler. · Bijgewerkt NA.PY en PATCHES.XML, zodat PDB2PQR drie beletterde RNA-residu-namen (ADE, CYT, GUA, uw en URA) verwerkt. · Bijgewerkt na.xml met HO2 'toegevoegd als een alternatieve naam voor H2' ', en H5' toegevoegd als een alternatieve naam voor H5 ''. · Bijgewerkte versie-nummers in HTML / en DOC / PYDOC /. · Bijgewerkte webserver. Bij het selecteren van door de gebruiker gedefinieerde FORCEFIELD-bestand van de webserver moeten gebruikers ook. NAMES-bestand bieden. · HTTP://ENZYME.UCD.IE/SERVICES/PDB2PQR/ van webserverlijst. · Verwijderde de behoefte aan eiwitten bij het verwerken van andere typen (liganden, nucleïnezuren). · Bijgewerkte PSize.py met Robert KoneCny's patch om inconsistente toewijzing van fijne rasternummers in sommige (zeer) zeldzame gevallen vast te stellen. · Made WhiteSpace-optie beschikbaar voor zowel opdrachtregel- als webserverversies. · Bijgewerkte inputgen_pka.py met de nieuwste versie. Bugfixes: · Een Legacy-bug opgelost met de webserver (Web Server houdt niet van Ligand-bestanden die zijn gegenereerd op Windows of Old Mac OS-platforms). · Een bug opgelost in Configure.ac, zodat PDB2PQR niet langer controleert op Numpy.pth bij Configure Stage. · Bijgewerkt PDB2PKA / Substructie / MAKEFILE.AM. · Vaste IsbackBone-bug in definitie.py. · Vastgelopen een bug voor carbonzuurresten in hydrogenen.py. · Vastgelopen een bug in routines.py, waardoor hydrogenen in Leu en ILE in decliped-conformatie werden toegevoegd in plaats van verspringend. · Een fout opgelost in Configure.ac, nu is het OK om te configureren met dubbele schuine strepen in het voorvoegselpad, bijvoorbeeld - prefix = / foo / bar // een ander / pad. · Een bug in het nucleïnezuur-naamgevingsschema vastgesteld. · Een bug opgelost met MET, Gly als NTERM, CTERM met --ffout-optie. · Een bug opgelost voor PRO als C-Terminus met parseerkracht. · Een bug opgelost voor ND1 in zijn Hacceptor. · Fixed the -Clean-optie-bug. · Een bug in Charmm Naaming-regeling opgelost. · Een bug in Test.cpp van de eenvoudige test (die gerelateerd is aan recente wijzigingen van 1AFS in Protein Data Bank).

Pdb2pqr Gerelateerde software