Phylococo PHYLOCOCO - een eenvoudig hulpmiddel voor moleculaire fylogenetische schatting.
Download nu

Phylococo Rangschikking & Samenvatting

Phylococo Tags

molecuul fylogenetisch opnieuw opbouwen Moleculaire fylogenetica herbouwde fylogenies Waarschijnlijkheidscriterium

Phylococo Beschrijving

Phylococo - een eenvoudig hulpmiddel voor moleculaire fylogenetische schatting. Phylococo is een vrij en minimalistisch hulpmiddel voor moleculaire fylogenetica die in staat is om fylogenieën te herbouwen door middel van het waarschijnlijkheidscriterium. Phylococo selecteert automatisch het beste substitutiemodel van de DNA-evolutie voor de dataset van sequenties die moeten worden geanalyseerd en weergeeft na een korte tijd de beste tot nu toe fylogeny gevonden.moleculaire fylogenetica bestudeert de hiërarchische evolutionaire relaties tussen organismen door middel van moleculaire gegevens. Deze relaties worden typisch beschreven door een gewogen boom, die fylogeny wordt genoemd, waarvan de bladeren de waargenomen organismen vertegenwoordigen, de interne hoekpunten vertegenwoordigen de tussenliggende voorouders, en de randen vertegenwoordigen evolutionaire relaties tussen paren van organismen. Er zijn enkele belangrijke kenmerken van "Phylococo". GTR-model van DNA-evolutie. · Gamma-distributie om te modellen tussen heterogeniteit van de site-snelheid. · Willekeurige richtingen, Brent's algoritme en willekeurig zoeken naar ongedwongen niet-lineaire optimalisatie van de waarschijnlijkheidsparameters. · Zeer grote schaalbuurt (VLSN) zoeken naar de topologie-optimalisatie. - geënt, lokaal zoeken (ILS) om de oplossingsruimte te verkennen. · Phylococo gebruikt Paloalto om de resulterende fylogeny te tonen .Requirements: · A G4 of een Intel Core Duo-processor · Java 1.4 of hoger. Aanbevolen: · Een Intel Core 2 Duo · Java 1.5 of hoger. Wat is er nieuw in deze release: · Verbetert de snelheid en stabiliteit van de hele grafische toepassing · Ondersteunt FIGTREE 1.2.1

Phylococo Gerelateerde software