Phylosort Open source-oplossing waarmee u fylogenetische bomen kunt sorteren
Download nu

Phylosort Rangschikking & Samenvatting

Phylosort Tags

visualiseren filter soort fylogenetische sorter boom sorteren fylogenetische filter

Phylosort Beschrijving

Open source-oplossing waarmee u fylogenetische bomen kunt sorteren Phylosort is een open source JAVA-tool waarmee u fylogenetische bomen kunt sorteren door te zoeken naar door de gebruiker gespecificeerde subbomen die een monofyletische groep van rente bevatten die is gedefinieerd door operationele taxonomische eenheden (OTUS) .Fhylosort biedt twee zoekmodi, inclusief (standaard) en exclusief : · In de exclusieve modus bestaan elke taxa uit de querygroep (en) in de boom, zal zich in de monofyletische clade moeten bevinden om die clade in aanmerking te komen en de boom als een wedstrijdboom te overwegen. · In de inclusieve modus , de beperking van de exclusieve modus is zodanig ontspannen dat een "kwalificerende" monofyletische clade wordt aanvaard, ongeacht of er extra taxa is van de query-taxa ergens anders in de boom buiten die clade. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "Phylosort": · Zoeken naar monofyletische relatie tussen groepen van taxa. · Filteren door Bootstrap-ondersteuningswaarden die verband houden met de monofyletische clades. · Filteren per boomcomplexiteit (aantal taxa in een boom). · Filteren op gezinscomplexiteit (aantal genen per taxon in een boom). · Clustering bomen (genen) in boomclusters (gengezinnen). · Groepering van OTUS met behulp van een referentieboom van een taxonomie. · Schone en herbruikbare implementatie van gemeenschappelijke procedures voor het manipuleren van de structuur van de bomen zoals Newick-parsering, boomtraversal en herten. · Visualiserende boomtopologie met behulp van een boomviewer (ATV).

Phylosort Gerelateerde software