Plum-browser Plum-browser - grafisch weergave peptiden geïdentificeerd in een massaspectrometrie-experiment
Download nu

Plum-browser Rangschikking & Samenvatting

Plum-browser Tags

visie vraag soort peptide-kijker peptide vraag Sorteer eiwitten

Plum-browser Beschrijving

Plum-browser - Grafisch weergave Peptiden geïdentificeerd in een massaspectrometrie-experiment Plum-browser is ontworpen om peptiden in een massaspectrometrie-experiment te zien in de positie in de reeks van het eiwit dat ze zijn afgeleid van.plumbrowser wordt ook gebruikt om te vragen voor de sets peptiden door hun aminozuursamenstelling en hun relatieve posities aan elkaar . Oorigineel, de Plum-browser is ontwikkeld voor BIMM 185, een senior-niveau Bioinformatics Tool Bouwklasse op UCSD.Here zijn enkele belangrijke kenmerken van "Plum Browser": · Sorteren: U kunt uw peptiden en eiwitten sorteren door single-klikken Elke titel header in de tafel van het peptide en de eiwit. Klik er nogmaals op om het soort te keren. · Kopieer lay-out naar klembord: klik met de rechtermuisknop op het browserbox en selecteer 'Kopiëren naar klembord' om de HTML-inhoud van de browserbox te krijgen · DetaSets / Subsets verwijderen: In de gegevens -> Selecteer scherm, U kunt met de rechtermuisknop klikken en selecteren Verwijderen. Merk op dat als u een dataset verwijdert waar een subset opneemt, dan zal het niet meer werken! · Bekijk de laatste query-tekst: The Query -> Info Menu-item om de tekst van het meest recente queryverzoek te bekijken. REQUIRINGEN: · Java 1.5 of laternebekende problemen: · Bij gelegenheid, net nadat u een aantal gegevens hebt geïmporteerd, verschuift de peptide tafelkolomkop tekst naar links terwijl het programma open blijft. Als u de invoer niet eerst uitvoert, komt deze verschuiving niet op. · Er is zeer beperkte ondersteuning voor meerdere datasets die dezelfde gennamen en dezelfde peptiden bevatten. Er is logica die de peptiden in de browser correct weergeeft, maar er is geen goede ondersteuning voor het vragen of markeren van meerdere peptiden. Dus gebruikers worden geadviseerd om deze software niet te gebruiken om meerdere punten van hetzelfde proteoom te vergelijken (dat wil zeggen, met dezelfde set gennamen).

Plum-browser Gerelateerde software