Sam Tools Een flexibel generiek formaat voor het opslaan van nucleotidesequentie-uitlijning
Download nu

Sam Tools Rangschikking & Samenvatting

Sam Tools Tags

winkel manipuleren opslaan nucleotide uitlijning Manipulate uitlijning alignment manipulator uitlijning

Sam Tools Beschrijving

Een flexibel generiek formaat voor het opslaan van nucleotidesequentie-uitlijning SAM (Sequence-uitlijning / kaart) is een flexibel generiek formaat voor het opslaan van nucleotidesequentie-uitlijning. SAM-hulpmiddelen bieden efficiënte hulpprogramma's op het manipuleren van uitlijningen in SAM-formaat. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "Sam Tools": · Is flexibel genoeg om alle uitlijninformatie op te slaan die wordt gegenereerd door verschillende uitlijnprogramma's; · Is eenvoudig genoeg te worden gegenereerd door uitlijnprogramma's of geconverteerd van bestaande uitlijningsindelingen; · Is compact in de bestandsgrootte; · Hiermee kunnen de meeste bewerkingen op de uitlijning aan een stroom werken zonder de volledige uitlijning in het geheugen te laden; · Hiermee kan het bestand worden geïndexeerd door de genomische positie om efficiënt alle leeslijning op een locus op te halen. Wat is er nieuw in deze release: · Samtools is meer consistent met de specificatie: a) '*' in de · Qual Field is toegestaan; b) De veldscheider is alleen tabblad en ruimte · Wordt behandeld als een teken in een veld; c) Lege koptekst is toegestaan. · Implementeerde GLFV3-ondersteuning in PileUp. · Een ernstige bug in Fixmate opgelost: Strand-informatie is ten onrechte · Overschreven. · Een fout opgelost in uitlijning ophalen: uitlijningen overbruggen N * 16384bp zijn · Soms niet correct opgehaald. · Een bug opgelost in RMDUP: Segfault als ongehinderd luiden zijn aanwezig. · Verplaats indel_filter.pl naar samtools.pl en verbeterde de filtering door · Controleren van het werkelijke aantal uitlijningen dat Indels bevat. De indel · Pileup-lijn wordt ook een beetje veranderd om deze filtratie gemakkelijker te maken. · Vaste een kleine bug in indexering: het bin-nummer van een niet-ingesloten lezen is · Fout berekend. · Toegevoegd `Flagstat'-opdracht om statistieken op het vlagveld te tonen. · Verbeterde Indell-beller door het maximale vensterformaat in het lokaal in te stellen · Herschikking. Veranderingen in andere hulpprogramma's: · Een bug opgelost in MAQ2SAM: een tagnaam is verouderd. · Verbetering van WGSIM: a) ondersteuning voor vaste lees-simulatie; · B) Toon het aantal substituties / indelen / fouten in gelezen naam; · C) aanzienlijke code opruimen. · Verschillende converters: verbeterde functionaliteit in het algemeen. · Bijgewerkt het voorbeeld SAM vanwege de vorige bug in Fixmate.

Sam Tools Gerelateerde software