Sbmltoolbox Gebruik SBML-modellen in Matlab
Download nu

Sbmltoolbox Rangschikking & Samenvatting

Sbmltoolbox Tags

lezen schrijven valideren read SBML model write SBML model valideer het sbml-model

Sbmltoolbox Beschrijving

Gebruik SBML-modellen in Matlab SBMLToolbox is gebouwd op de top van LibsBML en biedt een gratis en open source set van basisfuncties die SBML-modellen in Matlab kunnen worden gebruikt. SBMLToolbox biedt functies voor het lezen, schrijven en valideren van SBML-modellen; Modelstructuren bekijken in een eenvoudige GUI; Modellen omzetten in een symbolische vorm die geschikt is voor gebruik met de symbolische wiskundetoolbox van Matlab; en simuleren modellen met behulp van de gewone differentiële vergelijking solvers.sbmltoolbox werkt door SBML-modellen naar / van een Matlab-structuur te vertalen die Matlab_SBML wordt genoemd. Het biedt faciliteiten voor het manipuleren van dit en de onderbouw in Matlab, evenals functies voor het opslaan en laden van matlab_sbml-structuren van / naar Matlab-gegevensbestanden. De toolbox is niet bedoeld als een complete systems Biology Toolbox voor Matlab, maar eerder een platform dat wordt vergemakkelijkt SBML in en uit Matlab en diende als uitgangspunt waarvan gebruikers hun eigen functionaliteit kunnen ontwikkelen. Opmerking: SBMLToolbox heeft een vergunning en gedistribueerd onder de voorwaarden van de GNU-bibliotheek of mindere General Public License (LGPL). Vereisten: · Matlab Wat is er nieuw in deze release: · Toegevoegd De Getstoichiometrysparse-functie Draged door Arsen Batagov. Dit retourneert de stoichiometrie-matrix als een schaarse matrix en is veel sneller voor grotere modellen. · De TranslatesBML-functie heeft een tweede optioneel argument dat aangeeft of het model moet worden gevalideerd vóór de import. De standaardwaarde is 0; geen validatie aangeven. In het geval van geen argument voor de functie; die opent een bladerendraaien om het bestand te vinden om te importeren; De gebruiker wordt gevraagd om aan te geven of validatie moet worden gedaan. In het geval van validatiefouten worden deze aan de gebruiker getoond, die wordt gevraagd om het model te importeren, ongeacht. · Verwijderde de functie Readandvalidate, want dit was in wezen een versie van TranslatesBML die validatie heeft uitgevoerd. · Toegevoegde ondersteuning voor SBML-niveau 2 versie 2 en niveau 2 versie 3. Deze ondersteuning breidt zich niet uit naar de GUI's die kan worden gebruikt om individuele componenten van een model te bekijken. · Vaste bug in bepalingenPeciesRoleinReaction die mislukt voor een model 1-model

Sbmltoolbox Gerelateerde software