Snoopcgh Programma gebouwd om genomische hybridisatiegegevens te visualiseren en te vergelijken
Download nu

Snoopcgh Rangschikking & Samenvatting

Snoopcgh Tags

vergelijken visualiseren genoom Gevisualiseer genoom genoomvisualisatie vergelijk genomische gegevens

Snoopcgh Beschrijving

Programma gebouwd om te visualiseren en te vergelijken genoomhybridisatie data SnoopCGH is een gratis en open source Java desktop-applicatie gebouwd voor het visualiseren en het verkennen van vergelijkende genomische hybridisatie (CGH) gegevens. SnoopCGH kan de gebruiker interactief analyseren verschillende sets gegevens simultaneously.The tekstinvoer is gebaseerd op een tab-, ruimte- of komma's gescheiden indeling gemaakt met log reeks intensiteitswaarden die onder een of meer vergelijkingen of samples.SnoopCGH verschaft CGH percelen met onbeperkt zoom (in beide assen) die interactief kan worden verkend met de muis. Het gebruik van meerdere lagen, die kunnen worden gestapeld en gecombineerd, vergemakkelijkt de visualisatie van de data. Het is mogelijk om meerdere lagen aan te brengen op een perceel met het oog op de CGH verhoudingen filteren of het uitvoeren van statistische analyses in de regio's van belang. Analysemethoden zijn uitgevoerd en maken een snelle visualisatie en dissectie van vermeende structurele variaties (SV) .In het bijzonder worden data afgevlakt met behulp van een algoritme, gebaseerd op Haar wavelets en eilanden potentiële SV ingeschat op basis SW-Array.A krachtige eigenschap van SnoopCGH is de mogelijkheid om te communiceren met downloadbare annotatiebestanden (bijv EMBL) van genoom browsers, dat informatie over gennamen en genomische kenmerken (bv GC inhoud) op te nemen. De gebruiker heeft een visuele weergave van de aantekeningen aan de voet van het perceel en kan gemakkelijk toegang tot gedetailleerde tekstuele informatie door erop te klikken of door tekstuele zoeken. Directe links naar de belangrijkste genomische browsers zijn opgenomen. Vereisten: · Java 1.6 of later

Snoopcgh Gerelateerde software