Vmd Een moleculair visualisatieprogramma voor het weergeven, animeren en analyseren van grote biomoleculaire systemen met behulp van 3D-graphics.
Download nu

Vmd Rangschikking & Samenvatting

Vmd Tags

grafisch moleculair biomoleculaire biomoleculair systeem moleculaire grafische Analize biopolymeer

Vmd Beschrijving

Een moleculaire visualisatie programma voor het weergeven, animeren en analyseren van grote biomoleculaire systemen met behulp van 3-D graphics. VMD is een moleculaire visualisatie programma voor het weergeven, animeren, en analyseren van grote biomoleculaire systemen met behulp van 3-D graphics en ingebouwde scripting. VMD ondersteunt computers met Mac OS X, UNIX of Windows, wordt gratis verspreid, en omvat de bron code.VMD is een moleculair grafisch programma ontworpen voor de interactieve visualisatie en analyse van biopolymeren zoals eiwitten, nucleïnezuren, lipiden en membranen .VMD is een algemene toepassing voor het weergeven van moleculen die een willekeurig aantal atomen en is vergelijkbaar met andere moleculaire visualisatie programma in zijn fundamentele capabilities.VMD met ingebouwde ondersteuning voor high-end-quad buffer stereoscopische weergave waarbij in projectie bioscoop kan als evenals desktop grafische werkstations. Sterescopic scherm helpt aanzienlijk in de perceptie van driedimensionale structuren en heeft een belangrijke functie in VMD sinds de eerste release geweest. VMD biedt ook ondersteuning voor goedkope-game-georiënteerde stereo glazen, en zelfs anaglyphic (rood / blauw) stereo. Hier zijn een aantal belangrijke eigenschappen van "VMD": · Geen beperking van het aantal moleculen, atomen, resten of het aantal animatieframes, behalve beschikbare geheugen. · Veel moleculaire en volumetrische rendering en kleur methoden. · Uitgebreide atoom selectie taal met boolean en algebraïsche operators, reguliere expressies, afstand gebaseerde selecties, en nog veel meer. · Uitgebreide grafische en tekst interfaces naar Tcl, Tk, en Python om krachtige scripts en analysemogelijkheden bieden. · Hoge kwaliteit on-screen weergave met behulp van OpenGL programmeerbare shading op geavanceerde grafische versnellers. · Stereoscopische display met shutter-bril, autostereoscopische flat panels, anaglyph stereo bril, en side-by-side stereo weergave. · 3-D interactieve controle door middel van het gebruik van joysticks, Spaceballs, haptische apparaten en andere geavanceerde invoerapparaten, met ondersteuning voor Virtual Reality Peripheral Network (VRPN). · Een uitbreidbare-plugin-based file laadsysteem met ondersteuning voor populaire formaten zoals AMBER, CHARMM-, Gromacs, NAMD, VOB, X-PLOR, en vele anderen, evenals automatische conversie door Babel. · Export weergegeven scène om extenal rendering formaten, inclusief POV-Ray, Raster3D, RenderMan, Gelato, Tachyon, Wavefront, evenals STL of VRML2-bestanden voor 3D-printing. Integratie van meerdere sequenties en evolutionaire analyse-instrumenten, in de vorm van de Multiseq plug en de bijbehorende toolset. · Uitvoeren interactieve moleculaire dynamica (IMD) met behulp van simulaties NAMD, Protomol, of andere programma's als simulatie back-ends. · Integratie met het programma NAMD, een snelle, parallelle en schaalbare moleculaire dynamica ontwikkeld programma in samenwerking met VMD. Zie de NAMD pagina voor meer informatie: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd · Integratie met de BIOCORE collaboratieve onderzoeksomgeving. VMD kan "publiceren" moleculaire graphics scripts BIOCORE, zodat medewerkers met elkaar via internet kunnen werken. Zie de BIOCORE pagina voor meer informatie: http://www.ks.uiuc.edu/Research/biocore. Beperkingen: · Je moet registreren om te downloaden. Wat is er nieuw in deze release: · Gebruikers documentatie-updates · Kleine verbeteringen en correcties op Guide, voegde de documentatie van de VMD gebruikershandleiding van nieuwe commando's en omgevingsvariabelen. · Nieuwe en bijgewerkte tutorials beschikbaar voor geavanceerde beelden en het maken van films, 3-D PDF-export, Tachyon ambient occlusion verlichting, elektrostatische oppervlakte kleuren, en de dichtheid kaart gebaseerd atoom selecties. · Wijzigingen in de gebruikersinterface · Nieuwe "User" picking modus voor gebruik met door de gebruiker gedefinieerde scripts en plugins · Algemene verbeteringen · Ondersteuning voor 3-D capture met Acrobat 3-D, voor het creëren van documenten die 3-D moleculaire structuren insluiten. · VMD renderings kunnen nu gebruik maken van Tachyon de geavanceerde ambient occlusion verlichting voor enorm verbeterd 3D-renderings van moleculaire graphics. Deze geavanceerde belichtingsmodus kan sterk verbeteren van de schaduw van poriën en kanalen, structuren met holtes en andere zaken die typisch vereisen het gebruik van dieptevervaging betere dieptewaarneming. · VMD ondersteunt nu de nVidia "Gelato" GPU versnelde productie kwaliteit rendering pakket. VMD export scènes in de moedertaal PYG bestandsformaat Gelato's, evenals de RenderMan RIB-formaat. · Standaard zal VMD nu alle beschikbare verwerkers gebruiken om parallelized delen van de code te versnellen die momenteel verschillende structuuranalyse-routines, interactieve MD- en Ray Tracing omvatten. · Het algemene geheugengebruik van per-atoom is aanzienlijk afgenomen. VMD gebruikt nu iets meer dan de helft zoveel geheugen per atoom in vergelijking met eerdere versies, waardoor meer ruimte beschikbaar is voor extra trajectkoers of voor meer moleculen die tegelijk moeten worden geladen. · VMD-structuur laden en analyse schaalbaarheid zijn aanzienlijk verbeterd. VMD is met succes getest met het laden en analyseren van structuren van maximaal 72.000.000 atomen. · Automatisch obligatiebepaling algoritme loopt nu tot 3 keer sneller op afzonderlijke processorsystemen en gebruikt meerdere processors voor verbeterde prestaties op multicore-processors en multiprocessorwerkstations. · Drastisch verbeterde multi-Thousess-File-structuur die prestaties laden wanneer het display-update is uitgeschakeld. Deze voordelen batch-modus VMD-analyse-banen met een analyse van duizenden structuren, b.v. Laden en zoeken van grote subsets van het PDB.

Vmd Gerelateerde software