VoltooiCompositionVectorCli A Terminal-based-app voor genotypering via volledige compositie Vectoren en MAPREDUWE
Download nu

VoltooiCompositionVectorCli Rangschikking & Samenvatting

VoltooiCompositionVectorCli Tags

vector mapreduce CCV

VoltooiCompositionVectorCli Beschrijving

De klassieke genotypingbenadering is gebaseerd op fylogenetische analyse, te beginnen met een uitlijning van meerdere sequentie. Genotypen worden vervolgens vastgesteld door deskundig onderzoek van fylogenetische bomen. Dergelijke methoden zijn echter suboptimaal voor een snelgroeiende dataset, omdat ze aanzienlijke menselijke inspanning vereisen, en omdat ze snel toenemen in een computationele complexiteit met het aantal sequenties. VoltooiCompositionVectorCLI maakt gebruik van een methode voor genotypering die onafhankelijk is van eenvoudige sequentie-uitlijning.completecompositionvectorcli gebruikt het volledige samenstelling vectoralgoritme om elke reeks in de dataset te vertegenwoordigen als een vector die is afgeleid van de samenstellende K-Mers en affiniteitspropagatieclustering om de sequenties te groeperen in genotypes gebaseerd op een afstandsmaat over de vectoren. Onze methoden produceren resultaten die goed correleren met deskundig gedefinieerde delen of genotypen, tegen een fractie van de computationele kosten van traditionele fylogenetische methoden. Gedetailleerde instructies voor het installeren en gebruiken van het completeCompositionVectorCLI-hulpprogramma op uw Mac zijn hier beschikbaar.

VoltooiCompositionVectorCli Gerelateerde software