Zegel SE-AL - TOEPASSINGEN VOOR HET CREËREN VAN MEERPLICENTIEELE SEQUENTIE-uitlijningen uit nucleotide- en aminozuursequenties
Download nu

Zegel Rangschikking & Samenvatting

Zegel Tags

aminozuur uitlijnen sequentie aligner nucleotide Nucleotidesequentie uitlijnen Lijn aminozuur uit

Zegel Beschrijving

SE-AL - Toepassing voor het maken van meerdere sequentie-uitlijningen uit nucleotide- en aminozuursequenties SE-AL is een aanvraag voor het maken van meerdere sequentie-uitlijningen uit nucleotide- en aminozuursequenties. Op dit moment is het geen automatische uitlijningen, maar is bedoeld voor de productie van handuitlijningen en voor het voorbereiden van de input voor uitlijningsprogramma's zoals clustale en fylogeny-reconstructieprogramma's zoals Phylip en Paup.se-Al is bijzonder nuttig voor het manipuleren van eiwitcodering DNA / RNA-sequenties. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "SE AL": · de invoer en export van sequenties in een reeks veelgebruikte indelingen. Op dit moment worden NEXUS, PHYLIP, MEGA, NBRF, FASTA, GDE en GDE Vlakke indelingen ondersteund. Sommige van deze indelingen zijn onbetrouwbaar, ook omdat het formaat niet goed gedefinieerd is of dat ik niet gehinderd kon worden. E-mail mij met bestanden die niet importeren. · Voor nucleotidesequenties van eiwitcoderingsgenen kan de gebruiker vrij schakelen tussen drie modus: nucleotiden - bewerk de uitlijning op het niveau van afzonderlijke basen, codons - Bewerk de uitlijning van codons in elk leesframe en vertaling - Bewerken De uitlijning van de afgeleide aminozuren die worden vertaald met behulp van verschillende genetische codes (bewerken in deze modus wordt daadwerkelijk gedaan aan de oorspronkelijke nucleotidesequenties die de uitlijning van aminozuren mogelijk maken, maar de uitvoer van de uiteindelijke uitlijning als nucleotide). Verschuiving van het lezen van frames, omkeer en complementatie kan allemaal onafhankelijk worden gedaan aan elke reeks en ongedaan gemaakt. · Afstemming kunnen worden bewerkt door een blokkeergebouw te selecteren en deze ten opzichte van de andere sequenties te schuiven. Hiaten worden achter het blok geopend. Deze veranderingen kunnen ongedaan worden gemaakt. · Sequenties en hun labels kunnen in een apart venster worden bewerkt. Ruwe sequenties kunnen ook uit andere bronnen worden geplakt (zoals Genbank-tekstbestanden en e-mail) in dit venster. Spaties, formatterende en niet-sequentietekens (bijv. NUMMERS) worden automatisch verwijderd. · Een consensussequentie kan boven de uitlijning worden weergegeven. · Afstemming worden opgeslagen in een binair formaat dat een snelle opening en het instandhouding van eventuele transformaties toestaan (dwz het lezen van frames, complementatie of vertaling) die zijn gebruikt. · Knippen, kopiëren en plakken van gehele sequenties of secties van uitlijning binnen en tussen uitlijningsdocumenten. Kopieer en plak tussen SE-AL en andere toepassingen in Nexus-indeling. · Sleep en dalende reeksen, uitlijningen en regio's tussen Windows of naar andere toepassingen in Nexus-indeling. · Zoeken naar motief of regio vergelijkbaar met een gegeven reeks (zeer primitief op dit moment ).

Zegel Gerelateerde software