pknotsrg RNA vouwen en thermodynamische matching
Download nu

pknotsrg Rangschikking & Samenvatting

pknotsrg Tags

vouwen rna RNA berekening RNA folder Pseudoknot-map pseudoknoop

pknotsrg Beschrijving

RNA vouwen en thermodynamische matching PnknotsRG is een gratis en gemakkelijk te gebruiken commandolijn gebaseerd gereedschap voor het opklappen van RNA-secundaire structuren, inclusief de klasse van eenvoudige recursieve pseudoknots. De energieparameters voor structuren die geen pseudoknots bevatten, zijn dezelfde als in de werkelijke MFold 3.1. De energie voor pseudoknots wordt berekend met een model dat lijkt op dat gebruikt door rivaseddy in pnots. De vouwtemperatuur is vastgezet op 37C.Currogent zijn er drie verschillende modi beschikbaar: · PnknotsRG-MFE: berekent de structuur van S (geknoopt of niet) van minimale vrije energie. · PnknotsRG-ENF: dwingt een pseudoknot: het levert het energetisch De beste volledige structuur van S die ergens minstens één pseudoknot omvat. · PnknotsRG-LOC: levert de beste lokale pseudoknot die element kan zijn van elke structuur van S, waar "beste" wordt gedefinieerd door vrije energie per nucleotide. De rest van S blijft ontplooid. Wat is er nieuw in deze release: · Geen behoefte aan garbagecollectorbibliotheek meer · Interactieve modus · Ondersteuning voor FASTA-bestandsinvoer · Nieuwe optie -W: schuifraam · Nieuwe optie -S: Uitgangsbreedte voor structuren

pknotsrg Gerelateerde software