BEEST gratis download, BEEST download op software download

Cross-platform-app voor Bayesiaanse MCMC-analyse van moleculaire sequenties Beast (Bayesiaanse evolutionaire analyse sampling bomen) is een gratis en open source-applicatie voor evolutionaire gevolgtrekking van moleculaire sequenties.Beast is een cross-platforme app voor Bayesiaanse MCMC-analyse van moleculaire sequenties. Beast is volledig georiënteerd tegen geroot, tijd-gemeten fylogenies afgeleid met behulp van strikte of ontspannen moleculaire klokmodellen.beest kan worden gebruikt als een werkwijze voor het reconstrueren van fylogenieën, maar is ook een raamwerk voor het testen van evolutionaire hypothesen zonder conditionering op een enkele boomtopologie. Beast gebruikt MCMC tot gemiddelde over boomruimte, zodat elke boom wordt gewogen evenredig aan de achterste waarschijnlijkheid. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "Beast": · Moleculaire klokmodellen met constante tarief. · Dit is het standaardmodel. De boom kan worden gekalibreerd door een mutatiegraad op te geven. · Variabele snelheid (ontspannen) Moleculaire klokmodellen. · Implementeert de niet-gecorreleerde, ontspannen klokmodellen van Drummond, HO, Phillips en Rambaut (2006, PLOS-biologie) Zie hieronder voor volledig citaat. · Divergentie datum schattingen. · Data van divergentie voor specifieke meest recente gemeenschappelijke voorouders (MRCA) kunnen worden geschat. · Niet-gelijktijdige sequenties (! Tipdate) Moleculaire klokmodellen. · Wanneer de verschillen in de data geassocieerd met de sequenties een aanzienlijk deel van de leeftijd van de gehele boom omvatten, kunnen deze datums worden opgenomen in het model dat een bron van informatie biedt over de snelheid van substitutie. · Substitutiemodel heterogeniteit op sites. · Verschillende substitutiemodellen kunnen worden opgegeven voor verschillende sets sites. Elke Codon-positie kan bijvoorbeeld een andere substitutiematrix en gamma-model van tarief heterogeniteit worden toegestaan. · Flexibele modelspecificatie. · Het bestandsformaat voor modelspecificatie maakt een aanzienlijke flexibiliteit mogelijk. Het is bijvoorbeeld mogelijk om aan te geven dat elke codonpositie een ander tarief heeft, een verschillende mate van snelheid heterogeniteit, maar dezelfde transitie / transversie-ratio. · Bereik van substitutiemodellen. · Beast (Bayesiaanse evolutionaire analyse sampling bomen) is een gratis en open source-aanvraag voor evolutionaire gevolgtrekking van moleculaire sequenties. · Flexibele keuze aan priors op parameters. · Elke parameter kan voorafgaand worden gegeven. De leeftijd van de wortel van de boom kan bijvoorbeeld voorafgaand aan een bepaald gemiddelde exponentieel worden gegeven. · Coalcente-modellen van de bevolkingsgrootte en groei. · Verschillende modellen van de groei van de leenpopulatie kunnen worden gebruikt. Op dit moment zijn constante grootte en exponentiële groei beschikbaar, maar er zal binnenkort worden toegevoegd. Deze modellen fungeren in feite als priors op de leeftijd van knooppunten in de boom, maar de parameters (bevolkingsgrootte en groeipercentage) kunnen worden bemonsterd en geschat. · Multi-locus Coalcent-modellen. · Twee ontelte genen kunnen hetzelfde koolstofpopulatiemodel worden gegeven, maar een ander vervangingsproces en de boom, waardoor de productie van meerlocus-coalescente gevolgtrekking mogelijk is. · Lokale klokmoleculaire klokmodellen. · Het toestaan van verschillende clades in de boom om verschillende tarieven (of inderdaad volledig verschillende substitutieprocessen) te hebben). Wat is er nieuw in deze release: Nieuwe functies: · GUI-versies van Beast tonen een dialoogvenster om verschillende opties in te stellen die anders alleen beschikbaar zijn per opdrachtregel. Bugfixes: · Probleem 55: MCMC-scherm Log werkt momenteel niet. · Probleem 70: schoonheid en partitie in codonposities · Issue 72: Beauti Moet harde limiet GTR-modelparameters · Issue 122: Ctrl-A in Beauti -> Uitzondering · Afgifte 127: Beauti PRIOR PANEEL, VORIRUIT HOOFD EN LOWER WORDEN NIET · ONEINDIGHEID · Probleem 128: Beauti: Boom eerdere logistieke groei is niet beschikbaar voor · Kalibratie · Issue 146: Beauti: Binair Covarion Model · Uitgifte 169: het bewerken van de bestandsnaam Stem in beauti veroorzaakt de insertie · Wijs naar het einde te springen · Afgifte 173: Beauti: gedeeltelijk koppelingsuitzondering · Probleem 181: Beauti: Verbetering van het standaardgedrag behoeft bij het toevoegen · Extra uitlijning na het ontkoppelen van alles · Uitgave 193: Verbeterde convergentie diagnostiek: bereken effectieve grootte van · Gecombineerde runs door de monsters samen te voegen · Afgifte 194: Beauti: PRIORTE INSTELLINGSFUNCTIE bij het wijzigen van waarde · Uitgave 199: Tracer toont alleen eerste logbestand-invoer wanneer multiples · Inzendingen hebben dezelfde naam · Probleem 201: Bestandsnaam bewerken Stem in MCMC-paneel Oorzaken Insertion Point · Om te beginnen · Probleem 202: bouwen van scripts produceren JDK 1.6-klassen, zodat de distributie mislukt · Op machines met JDK 1,5 · Issue 203: Launch4J-bug die van invloed is op de link van nucleotidelikelihoodcore.dll · Issue 204: Beauti: Boom voorafgaande constante grootte werkt niet voor knooppuntkalibratie · Issue 205: Tittel-informatie verdwenen in de console met behulp van Windows · Paramter om beest te draaien · Probleem 209: Pathogeendosis niet compileren · Issue 211: Beauti: Amino Acid Site Model XML is verkeerd · Uitgave 212: Beast Linux-versie: Need Chmod 755 * · Issue 215: Standaardgeheugen toewijzingen voor Mac-verpakkingen zijn te klein · Issue 216: Standaardgeheugen toewijzingen voor Linux-verpakkingen zijn te klein · Afgifte 217: problemen met de Mac OS X-verpakking · Afgifte 218: Dialoogvenster Bastmain-opties Het geven Fout "illegale toegangswaarde · Moet tussen 1 en 21474863647 "zijn" · Issue 220: de Shell-scripts om beest in de opdrachtregel te starten, kunnen het niet aan · Met spaties in het pad. · Probleem 221: Reweight de substitutiemodeloperators in Beauti · Issue 222: Naming van 'Treelikelhood' wanneer slechts 1 partitie · Probleem 223: Stel de bestandsnaam 'Operatoranalyse' in als een attribuut in · MCMC-element · Issue 225: Treepartitioncoalescent is niet bestaand · Issue 226: de parsers in Release_parsers.Properties moeten worden bijgewerkt · Issue 227: Fix Bestdoc om Tag Doc for Beast-gebruikers te genereren · Issue 229: een ander falen van het testen van raamwerk · Uitgave 231: vertraging van de start van de prestatiemeting tot na · Volledige evaluatie · Issue 232: Mac (Windows?) Versie van beest sluit console op fouten · Afgifte 234: maak de gevreesde "de eerste posterior is nul" fout een beetje · Vriendelijker om te debuggen · Issue 236: Dr.Evomodel.Operators.traitgibbssoperator is gedupliceerd met · Parsers in release_parser.properties of beastparker.java · Issue 237: Beauti: Taxon Set Niet afhandelen Multi-Tree Partitie · Afgifte 238: naamgeving van 'patronen' wanneer slechts 1 partitie · Probleem 240: Beauti: USAMBIGUITEITEN VAN TREELIKELIELIHIELHEID MOET STANDAARD ZIJN · Zo waar voor Binay Covarion · Issue 242: Beauti: Maak een selectievakje om usambiguities in te kiezen · Treelikelhood voor binaire gegevens · Uitgave 244: DRINGEND: Standaard voorafgaande beoordeling · Probleem 247: Beauti: verkeerde XML in de frequentie die empirisch binair is · Covarion-model · Uitgave 248: Beauti-uitzondering (* Beast) bij het koppelen van dezelfde taxa voor een · Boommodel door in totaal verschillende taxa · Issue 250: Beauti: Verkeerde uitlijnblokken voor multi-gen bij het kiezen · "Maak lege uitlijning" · Issue 253: Beauti Voeg een pop-upvenster toe om de standaardprijzen te controleren wanneer · Klik op het genereren van beestbestand · Issue 254: Beauti Generate XML-knop moet na alle gegevens worden uitgeschakeld · Partitie verwijderd · Issue 255: zet parser waarschuwingen uit voor vrijgegeven versie · Issue 256: Beauti: reactie toevoegen in XML "Skyride.Logpopsize is log-eenheid · In tegenstelling tot andere popsize " · Probleem 257: Beauti: binaire gegevens en meerdere partities genereren niet · De sitemodel correct · Afgifte 259: Beauti: Mac OS MCMC Pensioenprobleem · Issue 260: Beauti: correct Engels · Probleem 261: Fout bij het parseren van element met ID NULL · Probleem 262: Verkeerde XML van TestCataclySmCoalescent.xml · Issue 264: ImportException: Nummerformaatfout voor

BEEST Gerelateerde software