CLC Genomics Workbench gratis download, CLC Genomics Workbench download op software download

Hiermee kunt u de volgende generatie-sequentiegegevens analyseren en visualiseren. CLC Genomics Workbench Onze nieuwe oplossing voor het analyseren en visualiseren van de volgende generatie-sequentiegegevens. CLC Genomics WorkBench bevat geavanceerde technologie en algoritmen, terwijl ook het ondersteunen en integreren met de rest van uw typische NGS-workflow.clc Genomics Workbench is erg snel en stelt u in staat om referentiesamenstelling van genomen van elke grootte te doen - de enige limiet is het bedrag van RAM op het apparaat met de software. CLC Genomics Workbench kan ook SNP-detectie, De Novo-assemblage en een groot aantal stroomafwaartse analyse ondersteunen. Hier zijn enkele belangrijke kenmerken van "CLC Genomics Workbench": · De Novo-montage van Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos en Solid-gegevens. · Referentiesamenstel van Sanger, 454, Illumina Genome Analyzer, Helicos en Solid Sequencing-gegevens. · Referentieamenstel van gemengde datasets (bijvoorbeeld 454 en Illumina Genome Analyzer). · Referentiesamenstel van genomen van een grootte. · Assemblage van standaard leesgegevens en ondersteuning voor de montage van gecombineerd einde Lees / Mate Pair leest van elke sequencing-technologie. · Geavanceerde grafische hulpmiddelen voor detectie van grootschalige mutaties en herschikkingen. · Single leest - dekking en conflicten. · Gepaarde-ends leest - grafisch overzicht. · Gepensioneerde lezingen - Inserties en deleties. · Gepaarde-ends leest - duplicaties en inversies. · Ondersteuning voor multiplex-sequencing per bestandsnaam. · Ondersteuning voor multiplex-sequenties door sample-specifieke tag. · Masking van referentiesamenstel op basis van annotaties zoals b.v. exons. · Integratie met CLC BIO's High Performance Computing Solutions, het maken van assemblies erg snel. · Interactieve en zoom-bekwicht bekijken van genoomsamenstellen, inclusief sequencing leest, kwaliteitsgegevens en referentiesequenties. Volledige integratie van de kijkers met de stroomafwaartse analyses. · Kwaliteitsrapportage en statistieken over onbewerkte gegevens. · Deze wizard wordt gebruikt om parallelle getagde sequentiegegevens aan te pakken. Het gebruik van getagde monsters kan de sequentiebepaling van de volgende generatie sequencers drastisch verhogen. Analyse van dit monster van gemengde gegevens wordt gedaan door de Workbench van Genomics. · Matthias Meyer, Udo Stenzel en Michael Hofreiter, "Parallel Tagged Sequencing op het 454-platform", Nature Protocols 3, - 267 - 278 (2008) · Deze wizard wordt gebruikt om parallelle getagde sequentiegegevens aan te pakken. · Filteren en trimmen van lees. · Geavanceerde SNP-detectie. · SNP-rapportage. · Ondersteuning voor integratie met CLC Bioinformatics-database. Vereisten: · 256 MB RAM vereist. · 2 GB RAM Aanbevolen. · 1024 x 768 Display aanbevolen. · 3D-weergave vereist een OpenGL 3D-grafische stuurprogramma (opgenomen met bijna alle grafische kaarten). · Assemblage en analyse van genomijnen tot 10 mega-basen: 2 GB RAM vereist; 4 GB RAM Aanbevolen. · Montage en analyse van grotere genomen: 2 GB RAM vereist; 8 GB RAM Aanbevolen. · 64 bitcomputer en besturingssysteem aanbevolen voor meer dan 2 GB RAM. Beperkingen: · 30 dagen proefperiode. Wat is er nieuw in deze release: · Wereldwijde uitlijning voor lange lezingen bij het uitvoeren van referentiesamenstelalgoritme · Gegeppte kleurruimte uitlijning bij het uitvoeren van referentiesamenstel · Een aanzienlijk verbeterde snelheid van alle bewerkingen met grote datasets RNA-SEQ-analyse: · Prestatie-optimalisatie: een run van 44 Mio leest tegen het muisgenoom duurt nu 32 minuten op een acht-kerncomputer met 32 GB RAM. Dit was meer dan twee uur. Met de vorige versie zijn er veel kleine tijdelijke bestanden gecreëerd en verwijderd en dit duurde lang en heeft de algemene reactiviteit van de COMUUPTER beïnvloed. In vergelijking wordt slechts een kleine fractie van tijdelijke bestanden gemaakt met de nieuwe versie. · Nieuwe optie om minimale vereiste exon-overlapping van lezingen te specificeren die een exon-exon-kruising spannen. Lees verder... · Nieuw RNA-SEQ-rapport dat statistisch overzicht geeft van het assemblageproces. Lees verder... · Resultaattabel meldt nu het aantal exon-exon- en intron-exon-junction spanning leest. · Resultaattabel meldt nu chromosoomlocatie van genen. Lees verder... · Visualisatie van leesting die exon-exon-junctions span. Lees verder... · Lees de mapping even goed op Intron-Exon en Exon-Exon-grenzen worden nu geïdentificeerd als unieke Exon-Exon-spanning leest. · RPKM is beter gedefinieerd in de gebruikershandleiding. Lees verder... · Standaardinstelling voor multi-hits is nu 10 zoals in het Mortazavi-papier Lees meer ... · Zeer korte lezingen worden nu gemonteerd waardoor meer mismatches. Expressie-analyse: · Vulkaanplaatsen: u kunt nu de waarden kiezen om op de X-as te plotten. Kies tussen "verschil" en "Fold Change". Lees verder... · Tafelweergave van staafpercelen toont dezelfde intervallen zoals weergegeven in het staafstuk. · Generieke importeur voor expressie-array-gegevens in tabelformaat. Lees verder... · Generieke importeur voor expressie-experiment annotatiegegevens in tabelformaat. Lees verder... · Gene Ontologie (GO) -bestanden kunnen nu worden gebruikt om een expressie-experiment te annoteren. Lees verder... · Tagprofilering: u mag geen tagmonsters meer annoteren, alleen experimenten · Zijpaneel van experimenttabel is opnieuw georganiseerd om beter overzicht te bieden. Lees verder... Importeer high-throughput sequencing-gegevens: · Importeergereedschap verplaatst van Toolbox naar Bestandsmenu en Toolbar. Lees verder.. · Importeren en exporteren van het SAM-uitlijningsindeling. Lees verder... · Importeren van uitlijningsgegevens in tab-gescheiden formaat, inclusief het Eland-uitlijningsindeling. Lees verder... · Importeren van Illumina QSEQ-bestandsindeling. Lees verder... · Linker in 454 gegevens worden ook gevonden voor niet-perfecte matches Lees meer ... Verbeterde visualisatie van contigingen: · Niet-uitgelijnde nucleotiden aan de binnenkant van gecombineerde lezingen worden nu weergegeven · Gepensioneerde lezingen hebben een enkele regel die het paar verbindt in plaats van gaten · Drag handgrepen om de uitgelijnde / niet-gealigneerde rand te verplaatsen, worden alleen weergegeven wanneer u de basis van de lezingen kunt zien. Dit betekent dat u moet ingaan op 100% of meer en gekozen compactniveaus "niet compact" of "laag". Anders zijn de handvatten voor slepen niet beschikbaar (dit wordt gedaan om het visuele overzicht eenvoudiger te maken). Lees verder.... · Het is mogelijk om paren weer te geven die elkaar overlappen · De niet-gemonteerde leest van een vergadering behoudt nu hun gepaarde-end-status (dit betekent ook dat u twee lijsten kunt krijgen - één met paren en één met de rest van de gebroken paren · SNP-detectie-uitvoertabel meldt nu als er meerdere niet-synonieme SNP's in hetzelfde codon bestaan · SNP-detectie-dialoogvenster: kwaliteitsfiltering is niet langer uitgeschakeld wanneer kwaliteitsscores ontbreken. Vanwege prestatieproblemen is het niet mogelijk om te controleren of de kwaliteitsscores aanwezig zijn. De SNP-detectie zal gewoon de kwaliteitsscore laten filteren als kwaliteitsscores niet aanwezig zijn. · SNP-detectie: mogelijk om varianten te detecteren met frequentie van minder dan 1 procent. · Contig-rapport bevat nu informatie over dekking voor zowel gedekte regio's als hele referentie. Lees verder... · Openende consensussequentie inclusief hiaten zal ook ns plaatsen voordat de consensussequentie begint en nadat het eindigt · De trimfunctionaliteit omvat nu de optie om een vooraf gedefinieerd aantal nucleotiden van beide uiteinden van een gelezen weg te snijden. Lees verder... · Gateway-klonering. Eenvoudige en gemakkelijk te gebruiken ondersteuning voor het maken van gateway-invoer en expressieklonen. Lees verder... · Zoek naar wedstrijden tussen al uw opgeslagen primers. De Tool Find Binding Sites is enorm verbeterd om u nu toe te staan om bij al uw primers te zoeken. Bovendien krijg je ook een tabelbaan van de bindingssites en mogelijke fragmenten. Lees verder... · In Silico PCR: Maak PCR-product op basis van primerpaar- en sjabloonsequentie (inclusief primer-extensies). Als onderdeel van de verbeterde vonds-bindende sites en het maken van fragmenten, kunt u het PCR-product uit de lijst met fragmenten extraheren via een rechtsklikmenu. Lees verder... · Controleer de primerspecificiteit. Als onderdeel van de verbeterde vonds-bindende sites en het maken van fragmenten, kunt u zoeken met een primerpaar in een lijst met potentiële doelsequenties en een overzichtstabel van bindingsplaatsen en mismatches en potentiële PCR-fragmenten bekijken. Lees verder... Inzet: · U kunt een pad instellen op de standaardgegevenslocatie die wordt gebruikt wanneer de werkbank voor de eerste keer start. Dit is een functie om systeembeheerders te helpen regelen waar nieuwe installaties per standaard hun gegevens opslaan. Lees verder... · Ondersteuning voor het verwijderen van tools die toegang krijgen tot internet (NCBI Blast, update-meldingen enz.). Lees verder... Algemene import en export: · Ondersteuning voor import van complexe regio's van GFF-bestanden · Exporttabellen en rapporten in Excel-indeling. · Invoergedeelte van de gebruikershandleiding opnieuw gestructureerd om beter overzicht te bieden Lees meer .... Expressiegegevensimporteurs worden nu beschreven in technische details in een afzonderlijke sectie Lees meer .... · U kunt nu meerdere sequentielijsten in FASTA-formaat exporteren · Geforceerde import van ZIP-bestanden wordt nu ondersteund (het zal de inhoud van het ZIP-bestand forceren) · De standaard importeert nu zowel GZIP- en TAR-bestanden als ZIP · Als een gedwongen import mislukt, zullen er meer technische informatie zijn over wat er mis ging, zodat u een slechte opmaak van de invoerbestanden kunt identificeren · Beide Genbank- en GFF-importeur maken nu verschillende pogingen bij het benoemen van genen die geen gennaam hebben. Het zal iteratief de volgende kwalificatieproeven proberen: "Product", "Locus_Tag", "Protein_ID" en "Transcript_ID" · Bij het importeren van genbankbestanden waarbij de vermelde lengte niet overeenkomt met de feitelijke sequentie, wordt een waarschuwing getoond, maar de sequentie wordt geaccepteerd. · Bij het exporteren in CSV-formaat worden de locale-instellingen gebruikt om te bepalen of komma's of semi-cols als scheidingsteken moeten worden gebruikt (komma die wordt gebruikt voor de VS) · GFF-plug-in is bijgewerkt om complexe annotaties te accepteren Diversen: · Geavanceerde typing van annotaties met behulp van de annotatietabel. Lees verder... · Verbeterde rapportage van situaties waarin een volledige schijf voorkomt dat gegevens worden bespaard · Sequenties downloaden met behulp van Drag en Drop van de zoektabel maakt niet langer een "Downloading ..." knooppunt in de map. Het downloadproces kan worden gecontroleerd in het tabblad Processen. · Primer-ontwerp ondersteunt nu PCR-fragmenten langer dan 5000 bp. · Extractequenties verplaatst van bestand Manu naar Toolbox-> Algemene sequentie-analyse. Lees verder... · Betere vooruitgang feedback op verschillende dialogen Bugfixes: · Probleem met de volgorde van genen bij het instellen van RNA-SEQ-experimenten. Als de volgorde van invoersequenties niet hetzelfde was voor alle monsters, zou het experiment verkeerd zijn. · Vaste verkeerde oriëntatie van solide mate-paargegevens · Vast probleem met het benoemen van tabbladen. De fix betekent dat op Windows en Linux-niet-opgeslagen gegevens nu een * krijgen in plaats van het tabblad Naam en cursief te maken. (Dit is altijd het gedrag geweest op Mac OS X). · Vast probleem met het label "Kopiëren ..." wanneer u gegevens kunt kopiëren en vervolgens de map bijwerken · Misleidend label bij het assembleren leest korter dan 15 bp. Nu zegt het dat deze lezingen worden genegeerd in de montage

CLC Genomics Workbench Gerelateerde software