Ammp een moderne full-featureled moleculaire mechanica
Download nu

Ammp Rangschikking & Samenvatting

Ammp Tags

manipuleren molecuul Leer mechanica mechanica Mechanica-games Mechanica-laboratoria mechanica simulator nucleïne Newtoniaanse mechanica-analyse bestuderen Newtoniaanse mechanica Newtoniaanse mechanica Studie klassieke mechanica Moedelmolecuul manipuleren manipuleren macromolecuul Nucleïnezuur Machine-mechanica Analyse Newtoniaanse mechanica Windows 2007 Facebook chat-applicatie Volledige versie video Eenvoudige leningovereenkomst spelletjes applicatie Telefoon berichtsjabloon Wallpaper Yamaha Drums Installeer Creative Infra52x Zuma Deluxe-activering Buddy Controleer Ware netwerkverkeer hir

Ammp Beschrijving

De AMMP-applicatie is ontwikkeld om een moderne full-featureled moleculaire mechanica, dynamica en modelleringsprogramma te zijn. Het kan zowel kleine moleculen als macromoleculen manipuleren, waaronder eiwitten, nucleïnezuren en andere polymeren. Naast standaardfuncties, zoals numeriek stabiele moleculaire dynamiek, snelle multipole-methode voor het opnemen van alle atomen bij de berekening van langeafstandspotentialen en robuuste structurele optimalisers, heeft het een flexibele keuze aan potentialen en een eenvoudig maar krachtig vermogen om de moleculen te manipuleren en individueel te manipuleren Energievoorwaarden. Een groot voordeel ten opzichte van vele andere programma's is dat het eenvoudig is om niet-standaard polymeerbanden, ongebruikelijke liganden of niet-standaardresiduen te introduceren. Het toevoegen van ontbrekende waterstofatomen en het voltooien van gedeeltelijke structuren, die moeilijk voor veel programma's zijn, zijn eenvoudig in AmMP. AmMP begrijpt alleen zijn eigen taal. U leest een bestaand coördinaatbestand door deze in AMMP-taal te compileren. Het programma Preammp (Prewin) doet dit. Preammp kan op zichzelf worden uitgevoerd, of in het menu Bestand in AMMP95 wordt gebeld. Preammp vereist verschillende inputs. U wordt om elk van hen gevraagd met een Windows File Choice-menu. Als je dit niet leuk vindt, annuleer je het venster en voert u de bestandsnaam in in het Pewin Man-venster (dit is eenvoudiger om te doen dan om te beschrijven!). Wanneer u geen bestand hebt, zoals bij het genereren van coördinaten van nul, moet u het menu Windows File Choice annuleren en vervolgens terugkeren naar het hoofdvenster. Preammp werkt slechts één residu per keer. U moet de koppeling van de Intermetonmer in een polymeer leveren. Scripts zoals Peplink.amp (voor eiwitten) en Ndick.Mamp (voor standaard DNA / RNA-koppeling) worden meegeleverd. Deze werden gegenereerd door het genereren van de sjabloon voor het dimeer en het extraheren van de juiste termen. Ze zijn ook een goede plek om te zien hoe ze atomen en potentialen in een automatisch script kunnen manipuleren. Om een nieuw molecuul te maken, moet u eerst een sjabloon definiëren. Je voert vervolgens Preammp uit. Wanneer Preammp om een coördinatenset vraagt, voer dan geen bestandsnaam in. In tegenstelling tot de bestaande molecuulcase, kan Preammp niet automatisch het soort molecuul van de coördinaten opzoeken. Dus u wordt gevraagd om een molecuulnaam in te voeren. Dit is beperkt tot drie karakters die passen in het PDB-formaat. (Sorry daarvoor, maar dat is hoe het is).

Ammp Gerelateerde software