Asatura Toon verzadiging in nucleotidesequenties
Download nu

Asatura Rangschikking & Samenvatting

Asatura Tags

volgorde Verzadigingseffect Klepverzadiging Verzadiging verzadiging shaper Verzadigingsalgoritme bandverzadiging verzadiging simulatie zwarte verzadiging verzadigingsregelaar verzadiging aanpassen verzadiging veranderen verzadiging herstellen voorwaardelijke verzadiging verandering Photoshop-verzadiging 3d planeet generator nucleotidevenredance mutatie Verzadigingspoor nucleotidesequentie nucleotidesequentiemanager nucleotide Transformatorverzadiging saturatimulator analoge verzadiging Verander de verzadiging verzadigingsmodifier juiste verzadiging Nucleotide-substitutiemodel nucleotide motief tonen Substitutie van nucleotide Nucleotide-annotatie Nucleotide-uitlijning nucleotide polymorfismen Nucleotide-mutatie nucleotide fractie Pacific Islands Screensaver Gratis Java Antivirus CODEC-bestand FLV SWF naar FLA hoe te lezen bittorrent lite Doodle Jump 1.8.2 yahoo video roxxana versa check driver BlackBerry 1800-software karaoke lied cdg

Asatura Beschrijving

De gebruikelijke manier om verzadiging in nucleotidesequenties te demonstreren, is het plotten van de fractie van verschillen tussen sequenties tegen de evolutionaire afstand die ze scheiden. Wanneer het aantal waargenomen verschillen, bijvoorbeeld voor de fractie van derde codonposities, neemt niet langer toe met toenemende evolutionaire afstand, wordt de volgorde verzadigd. Dezelfde techniek kan worden toegepast op aminozuur (AA) sequenties. We hebben een Java-applicatie ontwikkeld die Asatura worden genoemd die AA-substituties met hoge en lage kansen van optreden discrimineert. Alle AA-vervangingen worden gedefinieerd als 'frequent' of als 'zeldzaam' afhankelijk van hun mutatie-waarschijnlijkheid, die worden afgeleid uit de waarschijnlijkheidsmatrices van de substitutie, zoals de bekende PAM en Blosum. Deze 20 bij 20 matrices bieden de empirisch afgeleide kansen van één AA die door een andere wordt vervangen wanneer sequenties over een bepaalde evolutionaire afstand van elkaar zijn uiteengezet. De Asatura-applicatie sorteert alle vervangingen volgens deze kansen en kan een waarschijnlijkheidswaarde "worden gekozen die differenties tussen frequente en zeldzame vervangingen. Voor elk sequentiepaar plotsert het programma het aantal waargenomen frequente en zeldzame AA-vervangingen tegen hun evolutionaire afstand. Door de substitution-waarschijnlijkheid 'cut-off' waarde te wijzigen, kan het aantal AA-substituties geclassificeerd als frequent of zeldzaam worden gewijzigd. Idealiter splitst een zorgvuldige selectie van de 'cut-off' waarde de oorspronkelijke gegevens in een verzadigde en een onverzadigde. Naast de meest gebruikte substitutievoorwaardenmatrices, zoals Pam, Blosum, Mtrev24 en JTT, kunnen ook door de gebruiker gedefinieerde matrices worden gebruikt.

Asatura Gerelateerde software