Bambe Bayesiaanse analyse in moleculaire biologie en evolutie
Download nu

Bambe Rangschikking & Samenvatting

Bambe Tags

biologie-bibliotheek biologie moleculair Moleculaire evolutie Bayesiaanse schatting Bayesiaans moleculaire biologie Evolution Simulator evolutie biologie statistische Computationele biologie Bayesiaanse netten Maak Bayesiaans netwerk Bayesiaanse netwerkondersteuning Biologie-gerelateerd Biologie Screensaver biologie-hulp Molecular Biology Tool Naive Bayesiaanse classifier Studie Bayesiaanse netwerk evolutie simuleren biologie-tool moleculaire analyse Phylogeny Bayesiaanse schatting Biologie Computational Models Gegevensanalyse van micro-biologie microbiologie Gedragsbiologie Bayesiaanse netwerk editor Bewerk Bayesiaanse netwerk cellenbiologie biologie simulatie Bayesiaanse uitlijning Stichting Biologie biologie-systeem Biology Icon Los Bayesiaanse netten op Bayesiaanse Netten solver Bekijk Bayesiaanse netten Bayesiaanse analisis Bayesiaanse methode implementatie Bayesiaanse methode analyseer biologie tekst Biology Viewer Structurele biologie Bayesiaanse analyse Bayesiaanse boomanalyse Bayesiaanse MCMC-analyse Convergente evolutie Evolutionair Biology Tool MKDV Evolution bayesian filtering Gratis Flash Player KEYMAN AMHARIC SOFTWARE Google Maps-software Gratis mobiele muziek Nokia N73-software jar-software Gratis Java MP4 Facebook Chat-software

Bambe Beschrijving

De naam BAMBE staat voor Bayesiaanse analyse in moleculaire biologie en evolutie. BAMBE is ontwikkeld om een gratis softwarepakket te zijn voor de Bayesiaanse analyse van fylogenies. Het pakket bevat programma's voor het analyseren van uitgelijnde DNA- of RNA-sequentiegegevens en kunnen gegevenssets met gaten of onbepaalde sites. Het hoofdprogramma maakt gebruik van een verscheidenheid aan metropool-Hastings-algoritmen om te genieten van de gezamenlijke posterieure verdeling van fylogenetische bomen en likelihoodmodelparameters. Andere programma's in de distributiehulp bij analyse van de bemonsterde bomen en parameterwaarden. Opmerking: Iedereen heeft toestemming gekregen om dit softwarepakket en de bijbehorende documentatie voor persoonlijk academisch gebruik te kopiëren en te gebruiken Belangrijkste kenmerken: een keuze aan waarschijnlijkheidsmodellen. HKY85 (HASEGAWA-KISHINO-YANO, 1985) F84 (zoals geïmplementeerd in Felsenstein's Phylip) TN93 (TAMURA-NEI, 1993) Een keuze aan metropool-Hastings-samplers voor het voorstellen van nieuwe fylogenetische bomen (inclusief een nieuwe geschaalde bèta-distributieversie van lokaal). Metropolis-Hastings-samplers voor het voorstellen van nieuwe modelparameters. de keuze van afzonderlijke samplers voor burn-in en inferentie. flexibele specificatie van sitecategorieën met afzonderlijke parameterwaarden voor elke categorie van de site. Een keuze om de zoekopdracht te initialiseren op een willekeurige boom, de Upgma-boom, de buurman-toetredingsboom of een door de gebruiker gedefinieerde boom. Twee indelingen (BAMBE en NEWICK) voor het lezen en schrijven van bomen. HTML Help-bestanden. grafische real-time monitoring van de boom- en modelparameters.

Bambe Gerelateerde software