Cvit Bekijk chromosomen met behulp van deze tool
Download nu

Cvit Rangschikking & Samenvatting

Cvit Tags

kijker visie chromosome genoomsequentie

Cvit Beschrijving

CVIT, Short for Chromosome Viewing tool is ontworpen als een PERL-toepassing die kan worden gebruikt om snel PNG-afbeeldingen te genereren die functies op verschillende kaarten of op genomische sequenties weergeven. Het is opzettelijk eenvoudig en niet-interactief, hoewel het mogelijk is om Cvit binnenin te wikkelen, bijvoorbeeld interactieve webpagina's. De input bestaat uit een of meer gegevensbestanden in GFF3-indeling. De gegevens moeten records bevatten die een of meer "chromosomen" worden beschreven (die een koppelingsgroep, psuedomolecule, BAC, CONTIG, elke vorm van aaneengesloten rek van DNA, of zelfs een eiwitstructuur) kunnen vertegenwoordigen. Deze "chromosomen" zijn de backbone die de functies zijn geplaatst. CVIT zal elk aangrenzende coördinatensysteem weergeven, inclusief basis-paren, centimorgans (genetische kaarten) en centimcclintoks (cytogenetische kaarten). De coördinaten kunnen (kleinste tot grootste) of achteruit (grootste tot klein) lopen. De output bestaat uit een PNG-afbeelding van de chromosoom (en) en functies, een legendafbeelding en een lijst met coördinaten van functies.

Cvit Gerelateerde software