Fire Zoekopdrachten op bacteriofaagse genoomsequenties voor blokken die sequentie gelijkenis weergeven.
Download nu

Fire Rangschikking & Samenvatting

Fire Tags

zoeker kleur gelijkenis gelijkenis Salient Variabele Gelijkenis Genome Browser Annotate genoom Gevisualiseer genoom Genome view gelijkenis Beeldsequentie weergeven Zoek de genoomsequentie genoomsequentie zoeker vinden genoomsequentie bacteriofaag genoom analyseren Genoomanalyse Bekijk meervoudig genoom zoekgenoom Bekijk genoomsequentie Genome Sequence Viewer Geef genoomsequentie weer Bekijk genome data blader door het genoom bekijk genoom genoomtaal tekstvergelijking algoritme prokaryotisch genoom Arabidopsis Genome Analyse Bekijk Arabidopsis-genoom analyseren Arabidopsis genoom analyseren bacteriële genoom Genoomvisualisatie Genoomviewer genoom-brede associatie gelijkenis sort Sequentie gelijkenis vergelijk genoomsequentie genoomsequentie vergelijking genoomsequentie UCSC-genoombrowsertrack Bekijk het genoombestand Geef geno-gegevens weer Bacteriële genoomsequentie Genoomverkenner microbieel genoom karakteriseren genoom genoom karakterisering bekijken bacteriële genoom image gelijkenis gelijkenis percentage visuele gelijkenis

Fire Beschrijving

Het PHIA-programma, een stand-alone programma in Visual Basic, voert een algoritmisch string-gebaseerd zoeken op bacteriofaagse-genoomsequenties uit, het ontdekken en extraheren van blokken die sequentie-overeenkomst weergeven, die overeenkomt met geconserveerde regelgevingselementen op een systematische manier die op een systematische wijze in deze genomen zijn, zonder voorafgaande experimenteel of voorspellende kennis. PHIA vergelijkt systematisch alle DNA-substrings van een opgegeven lengte (L) op elkaar, waardoor een beperkt aantal mismatches (degeneracie D) de grootste sets (Dominantnum) van substrings die een unieke consensus vertegenwoordigt en uitpakt. Op deze manier wordt het hele genoom ook geanalyseerd op de Watson en ook Crick DNA-streng. Om de sequenties rond de consensussequentie te visualiseren, kan de vensterafmetingen (W) worden aangepast om de reeksen links en rechts van elke geselecteerde DNA-individuele string op te nemen.

Fire Gerelateerde software