Fpg Simuleert een populatie van constante grootte
Download nu

Fpg Rangschikking & Samenvatting

Fpg Tags

simulatie simuleren simulator constant kruis constant volume constant signaal constante bevolking mutatie bevolking Displaypopulatie Wereld bevolking wereldbevolkingsdisplayer bevolkingsrecht Bevolkingsklok Bevolkingsschatting bevolkingscontrole constante pop-ups constante waarde Constante naam Lister Lijst constante naam Constante naam Bevolking Genetics Evolution bevolking verdeling Constante rekenmachine Bevolkingsgenetica Simuleer Bevolking Bottleneck Bevolkingsknelpunt tarief constante fitter populatie genetische simulator Bevolkingssimulator Bevolkingsdynamiek bevolkingsmonitor remmingsconstante Bepaal constant gewas autotetraploid bevolking Simuleer constante versnelling populatie mengsel populatieparameters schatten Effectieve bevolkingsgrootte Populatie-genetische structuur Simuleer de bevolking bevolking simulatie Demografische bevolking genetische bevolking Definieer bevolkingsgroepen bevolkingsgroep haploïde populatie Bevolkingsstratificatie Populatie analyseren Bevolkingsanalyse Populatie-genetische simulatie dissociatie constante

Fpg Beschrijving

De naam FPG staat voor de genetische simulatie van de voorwaartse populatie. FPG simuleert een populatie van constante grootte die verschillende evolutionaire processen ondergaat, waaronder: mutatie, recombinatie, natuurlijke selectie en migratie. De betekenis van "Forward" in deze context is gewoon die tijd, binnen de simulatie, beweegt naar voren, net zoals het in de echte wereld doet. Dit staat in contrast met de genetische simulatie van Coalcent Population in welke tijd, zoals vertegenwoordigd in de simulatie, verder gaat in het verleden. Coalcente-simulaties hebben veel voordelen, maar ze zijn onhandelbaar als ze natuurlijke selectie op meerdere sites bevatten. FPG is handig voor het beoordelen van de impact van natuurlijke selectie op patronen van genetische variatie. Het is ontworpen om echte wereldsituaties te benaderen met redelijk grote bevolkingsmaten en hoge mutatietarieven over lange stukken DNA. Het mutatiemodel is een oneindig sitesmodel, wat betekent dat geen enkele site die segregating in de bevolking is, een andere mutatie kan ontvangen. De simulatie biedt plaats aan neutrale, gunstige en schadelijke mutaties onder verschillende fitnessmodellen, inclusief additieve, multiplicatieve en epistatische fitnessmodellen. Het programma genereert een breed scala aan analyses, waaronder polymorfisme-niveaus, heterozygositeit (waargenomen en verwachte), fixatiepercentages en koppelingsongevolkte - alles uitgevoerd voor elk van verschillende categorieën van mutatie. Wanneer migratie in oproepen, worden verschillende analyses met betrekking tot de bevolkingsstructuur uitgevoerd .. De basislevenscyclus wordt afgewisseld tussen haploïde genomen (gameten) en diploïde genomen (zygotes) en gaat als volgt op: - Gametes worden willekeurig in zygotes gekoppeld - Fitness wordt voor elke zygote gemeten als een functie van de mutaties die het draagt. Als dominantie op 0,5 is ingesteld, is het model in de meeste opzichten vergelijkbaar met een haploïde selectiemodel. - Reproductief succes is het aantal gameten bijgedragen aan de volgende generatie, en wordt bepaald voor elke zygote door te tekenen van een multinomiale verdeling met verwachtingen die de relatieve fitnesswaarden van elke fitnessklasse zijn. - Recombinatie en mutatie komen voor tijdens de productie van gameten - Als er meerdere populaties zijn, worden gameten willekeurig getrokken van elke bevolking en willekeurig worden geplaatst in andere populaties. Die gameten die worden verplaatst door migranten gaan verloren, dus migratie voegt een extra element van genetische drift toe. Dit is een eilandmodel van migratie - Nieuwe zygotes worden gevormd door een willekeurige Unie van gameten. Generaties zijn niet-overlappend.

Fpg Gerelateerde software