GZ-GAMMA Schatting van het verwachte aantal substituties bij elke aminozuursite
Download nu

GZ-GAMMA Rangschikking & Samenvatting

GZ-GAMMA Tags

volgorde schatting zuur DNA-sequentie schatting Time Zure titratie DNA zuur lettertype Dispariteitsschatting Zure transactie FDR-schatting vind aminozuur aminozuurzoeker aminozuur zoeken Aminozuuranalysator Aminozuursequentie aminozuur aminozuur vertaler Extract-aminozuur Prestatieraming Osmose-schatting zuuroplossing aminozuurresidu optimaal aminozuur Analyse aminozuur Nucleïnezuur count vervangingen nummer analyseer het aminozuurpaar aminozuren paar analyse grote fylogeny-schatting Aminozuursequentie-analyse analyseer aminozuursequentie aminozuurclassificatie Aminozuur topologie AMINOACID-analyse Fylogenetische relatie Aminozuur Amino-zure detector detecteren aminozuur Inspanningsraming analyseren aminozuurketen zuurlussen verwacht verwachte terugkomst zure pro ACID PRO 7

GZ-GAMMA Beschrijving

GZ-GAMMA is ontwikkeld om het verwachte aantal substituties van elke aminozuur (nucleotide) site te schatten en de parameter Gamma-vorm voor de tariefvariatie tussen sites, met behulp van een combinatie van voorouderlijke sequentie-gevolgtrekking en maximale waarschijnlijkheidsschatting wanneer de fylogenetische relaties van deze homologe sequenties zijn bekend. Dit pakket bevat twee programma's: GZ-AA.exe voor aminozuursequenties en GZ-DNA.exe voor DNA-sequenties, die zijn gecodeerd in C-taal. Om het programma te gebruiken, hebt u één ingangsbestand nodig dat de aminozuur (of nucleotide) sequenties en de boomtopologie van deze sequenties bevat (zie ATP6.AA voor een voorbeeld). Dit bestand begint met twee cijfers: het aantal sequenties en het aantal aminozuur- of nucleotide-sites (volglengte). De tweede regel is de naam van de eerste reeks en de derde regel is de eerste reeks, enzovoort. Elke sequentie moet een lijn bezetten zonder enige onderbreking. Alleen de letters (geactiveerd) voor de 20 aminozuren (of 4 nucleotiden) zijn toegestaan in de reeksen. De gaten of andere symbolen hadden al moeten worden verwijderd. De laatste regel van het bestand is de boomtopologie van de sequenties. Het boomformaat is hetzelfde als die in Phylip-pakket wordt gebruikt. Merk op dat de boom niet-ontgroeid is, dus de trap in plaats van bediening is vereist voor het diepste vertakkingsknooppunt

GZ-GAMMA Gerelateerde software