HKA Een computerprogramma dat de veelgebruikte statistische test uitvoert
Download nu

HKA Rangschikking & Samenvatting

HKA Tags

moleculair DNA-sequentie maken statistische test statistische significantietest DNA-analyse DNA neutrale testcomputer statistische test neutraal moleculair

HKA Beschrijving

HKA is ontwikkeld om een computerprogramma te zijn dat de veelgebruikte statistische test uitvoert voor natuurlijke selectie die is ontwikkeld door Hudson, RR, M. Kreitman en M. Aguade (1987 een test van neutrale moleculaire evolutie op basis van nucleotide-gegevens. Genetica 116: 153-159). Dit programma kan zeer grote aantallen LOCI- en SAMPLE-formaten aan en voert tests via Loalcente-simulatie en door de conventionele CHI-vierkante benadering. De simulaties kunnen ook worden gebruikt om andere tests van natuurlijke selectie uit te voeren, waaronder tests van TAJIMA's D-statistiek (1989) en de D-statistiek van FU en LI (1993). rationeel De HKA-test is gebaseerd op de meest elementaire voorspelling van het neutrale model van moleculaire evolutie, dat DNA-sequentie polymorfisme binnen een soort, en DNA-sequentieverschuiving tussen soorten, evenredig zal zijn met de neutrale mutatiesnelheid (Kimura, 1968, 1969). Aan deze basisverwachtingen moeten we toevoegen dat polymorfisme ook afhangt van de effectieve bevolkingsgrootte en dat divergentie ook afhankelijk is van de tijd sinds speciatie. Wanneer we gegevens overwegen die zijn verzameld uit twee soorten, en van meerdere loci, verwachten we dat alle loci binnen een soort dezelfde effectieve bevolkingsgrootte zal delen, en we verwachten dat elke locus, ongeacht soorten, een karakteristieke neutrale mutatiesnelheid zal hebben (afhankelijk van de lengte en het niveau van selectieve beperking). We kunnen dus gegevens overweegt over polymorfisme en divergentie in vorm van een toevalstabel (figuur 1). We kunnen ook een vergelijkbare tabel met de verwachte waarden bouwen, elk een functie van de basistemperatuurparameters die aan de gegevens passen. Die parameters zijn: T - de tijd sinds de soort divergentie F - De verhouding van de twee soorten effectieve populatiegroottes. Theta_i = 4n1 u_i - de mutatie van de bevolking voor locus I in soort 1, waarbij N1 - de effectieve populatiegrootte van soorten 1 en u_i de neutrale mutatiecijfer is bij Locus i. Er is één theta-parameter voor elke locus.

HKA Gerelateerde software