Ideogrambrowser

Een Java-tool voor visualisatie van genomische aberraties met Affymetrix SNP-arrays
Download nu

Ideogrambrowser Rangschikking & Samenvatting

Advertentie

  • Rating:
  • Naam uitgever:
  • Hans A. Kestler & André Müller
  • Uitgever website:
  • Besturingssystemen:
  • Windows All
  • Bestandsgrootte:
  • 18.8 MB

Ideogrambrowser Tags


Ideogrambrowser Beschrijving

De ideogrambrowser kan worden gebruikt om eenvoudig een set uitvoerbestanden te vergelijken met de Affymetrix-chromosoomkopie-nummeranalyse-tool. Verlies van heterozygositeit (LOH) of verlies / versterkingsmarkeringen worden uitgezet tegen hun overeenkomstige chromosomale gebied in een karyotypische weergave samen met genen. Functies: * Plaatsen van SNP-markers in een karyogram (altijd nieuw gegenereerd uit de ideogram-tabel van de NCBI Mapview Build 36.2-database). Zie de bijlage A voor het wijzigen van de standaarddatabase. * SNP-array-afmetingen van 10K, 50K, 100K, en 500K kunnen worden geïmporteerd uit de Affymetrix-kopieernummeranalysetool (CNAT 3 en CNAT 4) rechtstreeks in het CNT-bestandsindeling (versie 1.0 en 1.1). * Een algemene tabblad Gescheiden tekstbestandsformaat kan worden geïmporteerd voor het importeren van buitenlandse gegevens (bijvoorbeeld gegenereerd door een spreadsheet-applicatie zoals Microsoft Excel). Dus de software is niet beperkt tot Affymetrix SNP-arrays en de Affymetrix-kopie-nummeranalyse-tool (CNAT 3 en 4). SNP-analyse kan worden gecombineerd, b.v. met array CGH-gegevens. Het nieuwe CNAT 4-formaat splitst de LOH-markers in een tweede bestand. Als de bestanden hetzelfde voorvoegsel hebben, worden de LOH-bestanden automatisch geladen bij het openen van een kopieernummer (CN) -bestand. * Plotten van genmarkers van een lokale kopie van de NCBI Mapview-database (Build 36.2) * Batchverwerking / import van meerdere bestanden. Samenvoegen van gesplitste bestanden. * DRESHOLLING VAN LOG2RATIOS, LOH (verlies van heterozygositeit), spa (enkelpuntanalyse-kopieummer) en GSA (genoom gladde kopieënnummer) waarden voor markergeneratie (de laatste is alleen beschikbaar voor chips met meer dan 10K SNP's). * Ruisonderdrukking via filterfunctionaliteit * Contensus regio-vertegenwoordiging. * Links naar http://www.genecards.org * Exporteren naar JPG-, SVG- en PDF-indeling. * Printfunctionaliteit (het afdrukken werkt mogelijk niet onder Linux in combinatie met bekers - dit is een Java 1.5 / cups-probleem: exporteer de diagrammen als PDF en print, b.v. met Acrobat-lezer) * Enzovoort.


Ideogrambrowser Gerelateerde software

Over ons