Mcalign2 Afstemming van niet-codering DNA-sequenties op basis van expliciete modellen van de Evolution van Indel Evolution
Download nu

Mcalign2 Rangschikking & Samenvatting

Mcalign2 Tags

Uitlijnen align sequentie DNA-sequentie DNA-sequentie uitlijning

Mcalign2 Beschrijving

Betrouwbare uitlijning van niet-codering DNA is moeilijk dankzij het onbekende patroon van insertion / deletion (Indel) -evenementen. Het aantal nucleotideverschillen (weergegeven in rood) verschilt radicaal tussen de alternatieve uitlijningen, maar zonder andere informatie is het onmogelijk om te zeggen dat het meer aannemelijk is. McAlign pakt dit probleem aan door sequenties uit te richten met behulp van een expliciet model van de Evolutie van Indel en vindt de meest waarschijnlijke uitlijning voor een paar sequenties, of drie sequenties van kennende fylogenetische relatie. Het Indel Evolution-model heeft twee parameters: (1) theta, de frequentie-indelen ten opzichte van de frequentie van nucleotide-substitutie; (2) W, een vector van relatieve frequenties van indelen van verschillende lengte. Modellen voor sommige taxa worden geleverd of een nieuw model kan door de gebruiker worden ingesteld. McAlign2 is een exact Dynamic Programming-gebaseerd programma dat paren sequenties uitlijnen. Als u alleen paren sequenties wilt uitlijnen, moet u dit programma gebruiken.

Mcalign2 Gerelateerde software