NG-NIEUW Een gewijzigde NEI-GOJOBORI-methode voor het berekenen van synoniem en niet-synieme afstanden
Download nu

NG-NIEUW Rangschikking & Samenvatting

NG-NIEUW Tags

volgorde DNA-sequentie DNA nucleotide tarief van niet-sympathiek Vind patristische afstanden synoniem afstand niet-synonieme afstand Radicale nonsynonische afstand Synonieme substitutie Nonsynonische substitutie Gemodificeerde Rational Method synoniem

NG-NIEUW Beschrijving

De NG-NIEUWE TOEPASSING is een kleine opdrachtregelgereedschap ontwikkeld voor het schatten van synonieme en nonsnoerige afstanden tussen eiwitcodering DNA-sequenties. De methode wordt gewijzigd van de originele NEI- en GOJOBORI (1986) -methode om rekening te houden met de overgangsvoorspanning. Om het programma te gebruiken, hebt u een invoerbestand nodig dat de eiwitcoderings-DNA-sequenties bevat (zie RNase.seq voor een voorbeeld). Dit bestand begint met twee cijfers: het aantal sequenties en het aantal nucleotiden per sequentie (volglengte). De tweede regel is de naam van de eerste reeks en de derde regel is de eerste reeks, enzovoort. Alleen A, G, C, T, A, G, C, en T zijn toegestaan. Hiaten moeten worden verwijderd en sequenties moeten van tevoren worden uitgelijnd. De sequenties mogen alleen eiwitcoderingsgebieden omvatten, met stopcodons verwijderd.

NG-NIEUW Gerelateerde software