Navigator Protein-Protein Interaction Networks Visualisation Software.
Download nu

Navigator Rangschikking & Samenvatting

Navigator Tags

analys analyse visie

Navigator Beschrijving

Navigator is een handige, gemakkelijk te gebruiken applicatie die speciaal is ontworpen om u te helpen visualiseren en analyseren van eiwit-eiwitinteractienetwerken. Navigator kan opHID / I2D - online databases van interactiegegevens - en weergavennetwerken in 2D of 3D weergeven. Om de schaalbaarheid en prestaties te verbeteren, combineert Navigator Java met OpenGL om een 2D / 3D-visualisatiesysteem op meerdere hardwareplatforms te bieden. Deze tool biedt ook analytische mogelijkheden en ondersteunt standaard import- en exportformaten, zoals GO en het Proteomics Standards Initiative (PSI). Belangrijkste kenmerken: Navigator combineert een visualisatiesysteem geïmplementeerd in OpenGL met een grafische gebruikersinterface en analytische algoritmen geïmplementeerd in Java. -netwerken kunnen worden geladen in een bestand (tab-gescheiden, navigator XML-, Biopax- of PSI-indelingen), of kunnen dynamisch worden gegenereerd door een visuele query uit te voeren naar Ophid / I2D (interologische interactiedatabase - een online database van bekende, HTP, en voorspelde eiwit-eiwit interacties voor menselijke, rat, muis, vliegen, worm en gist) of cpath. De Navigator-werkruimte ondersteunt meerdere netwerkpanelen die kunnen worden gemanipuleerd door knooppunten en randen te snijden, kopiëren en plakken van knooppunten. -netwerken kunnen worden geëxporteerd in tab-gescheiden, navigator XML, PSI of PAJEK-indelingen en meerdere grafische indelingen (BMP, JPG, TIFF, SVG, PDF). -netwerken kunnen worden bekeken in 2D en 3D. -knopen kunnen worden gepositioneerd met behulp van een mengsel van automatische krachtgestuurde lay-out en handmatige plaatsing. Een van de gebruikte automatische lay-out algoritmen is een multi-level kracht-gerichte lay-out algoritme genaamd Grip (grafiektekening met intelligente plaatsing) . Vanwege de bijna lineaire tijdcomplexiteit van grip kan Navigator volledige interactomen van I2D visualiseren. subnetworks die zeer onderling verbonden zijn, en knooppunten die hubs zijn (d.w.z. die communiceren met vele andere knooppunten), kunnen automatisch worden geïdentificeerd aan de hulpanalyse. Groepen knooppunten kunnen worden ingestort in samengestelde knooppunten, handmatig, of op een geautomatiseerde mode. subsets van een netwerk kunnen worden geboekt en gemanipuleerd met behulp van standaardinstellingen, zoals Union, kruising en verschil. De opaciteit van knooppunten en randen kan worden aangepast om het contrast van elementen in het netwerk te wijzigen en de nadruk te leggen op geselecteerde elementen.

Navigator Gerelateerde software