PGDSPIDER DATA-conversieaanvraag voor het aansluiten van de genetica- en genomics-programma's
Download nu

PGDSPIDER Rangschikking & Samenvatting

PGDSPIDER Tags

Genome bevolking genetica Bevolkingsgenetica

PGDSPIDER Beschrijving

PGDSPIDER werd gebouwd met behulp van de Java-programmeertaal als een conversie-app voor populatie-genetica- en genomics-programma's. De software vergemakkelijkt de gegevensuitwisselingsmogelijkheden tussen programma's voor een breed scala aan gegevenstypen (b.v. DNA, RNA, NGS, Microsatellite, SNP, RFLP, AFLP, Multi-Allelische gegevens, allelfrequentie of genetische afstanden). Naast de conventionele populatie-genetica-indelingen, integreert PGDSPIDER Populatie Genomics Data-formaten die vaak worden gebruikt om de gegevens van de volgende generatie-sequencing (NGS) op te slaan en aan te pakken. Momenteel is PGDSPIDER niet bedoeld om zeer grote NGS-bestanden te converteren, omdat deze het hele invoerbestand in het geheugen wordt geladen, waarvan de grootte beschikbare RAM kan overschrijden. Omdat PGDSPIDER echter de mogelijkheid is om specifieke subsets van deze NGS-bestanden om te zetten in een ander formaat, kan men deze functie gebruiken om parameters of statistieken voor specifieke regio's te berekenen en dus schuifraamanalyse uit te voeren over grote genomische regio's.

PGDSPIDER Gerelateerde software