Prody Open Source Python-pakket voor eiwitstructurele dynamiekanalyse
Download nu

Prody Rangschikking & Samenvatting

Prody Tags

analyse eiwit dynamica analyseren eiwit eiwit analyse

Prody Beschrijving

Open-source Python-pakket voor het analyseren van eiwitstructurele dynamiek Prody is een gratis en open-source Python-pakket voor het analyseren van eiwitstructurele dynamiek. Het zorgt voor een kwantitatieve analyse van heterogene experimentele structurele datasets en vergelijking met theoretisch voorspelde conformationele dynamiek. Het is ontworpen en ontwikkeld door Ahmet Bakan in Bahar Lab aan de Universiteit van Pittsburgh. De invoer voor Prody is de atoomcoördinaten van het query-eiwit in het PDB-bestandsindeling, of gewoon de PDB-ID of de single-letter-aminozuursequentie van het eiwit. Snelle en flexibele Prody-parsers worden gebruikt om de bijbehorende gegevensset van PDB-bestanden van de PDB FTP-server op te halen en hun coördinatengegevens en andere relevante informatie uit te halen. Prody voert de dominante patronen uit in de structurele variabiliteit die wordt geëxtraheerd door de belangrijkste componentanalyse (PCA) van de experimentele datasets, en de normale modi die de intrinsieke dynamiek van eiwitten die worden voorspeld door de normale modusanalyse (NMA) op basis van elastische netwerkmodellen (ENMS).

Prody Gerelateerde software