Prorata Kwantitatieve Shotgun Proteomics-analyse Gemakkelijk gemaakt.
Download nu

Prorata Rangschikking & Samenvatting

Prorata Tags

Analyseren Proteomics Post-processor Proteomics-analyse proteïne kwantitatieve proteomica Proteomics Gegevensanalyse Proteomics-gegevens gegevensverwerking proteomics data manager Beheer Proteomics-gegevens kwantitatief proteomisch enzymatische etikettering enzymatisch Spectrometrie gebaseerde proteomica Shotgun Screensaver jachtgeweer Proteomics-gegevenssimulatie Simuleer Proteomics-gegevens Kwantitatief genoom proteomics data-analysator kwantitatief kwantitatieve analyse kwantitatieve risicoanalyse

Prorata Beschrijving

Prorata is een eenvoudige toepassing die is ontworpen om de gegevensverwerking en -analyse te automatiseren voor kwantitatieve shotgun-proteomica. Kwantitatieve Shotgun-proteomica probeert de overvloed aan eiwitten in de behandelingscellen te schatten ten opzichte van hun overvloed in de referentiecellen. In dergelijke experimenten worden de referentiecellen gelabeld met stabiele isotopen via metabolische etikettering, enzymatische etikettering of chemische etikettering en worden ze gemengd met de behandelingscellen in equivalente bedragen. Na proteolyse worden de monsters geanalyseerd met multi-dimensionale vloeibare chromatogram-tandem massaspectrometrie. De verworven tandem-massaspectra worden gebruikt om de aminozuursequentie en post-translationele modificaties van proteolytische peptiden te identificeren. Prorata neemt de resultaten van het peptide-identificaties en de massaspectrale gegevens als invoer. Op dit punt, Prorata accepteert alleen de uitvoer van het programma Dtaselect als het identificatieresultaat en de massaspectrale gegevens in het MZXML-formaat. Prorata voert alle stappen uit voor het schatten van eiwitbundantverhoudingen en hun betrouwbaarheidsintervallen. Die stappen omvatten: extractie van geselecteerde ionenchromatogrammen, detectie van chromatografische pieken, schatting van peptidevoorratio's en schatting van eiwitbundante ratio's. De resultaten van elk van deze stappen kunnen handmatig worden geverifieerd via de Graphical-gebruikersinterface van Prorata.

Prorata Gerelateerde software