| Protest Selectie van best-fit modellen van eiwitevolutie. |
Download nu |
Protest Rangschikking & Samenvatting
- Naam uitgever:
- The University of Vigo
- Besturingssystemen:
- Windows All
Protest Tags
Protest Beschrijving
Protest (Modeltest's familielid) is een programma voor het selecteren van het model van eiwitevolutie dat het beste bij een gegeven set van reeksen (uitlijning) past. Modellen die zijn opgenomen zijn empirische substitutiematrices (zoals WAG, LG, MTREV, DAYHOFF, DCMUT, JTT, VT, BLOSUM62, CPREV, RTREV, MTMAM, MTART, HIVB en HIVW) die de relatieve tarieven van aminozuurvervanging en specifieke verbeteringen aangeven (+ I: onveranderlijke sites, + G: rate heterogeniteit tussen sites, + F: waargenomen aminozuurfrequenties) om rekening te houden met de evolutionaire beperkingen die mogelijk zijn door instandhouding van eiwitstructuur en -functie. Protest gebruikt het Akaike Informatiecriterium (AIC) en andere statistieken (AICC en BIC) om te vinden welke van de kandidaat-modellen het beste bij de gegevens bij de hand past. Geef Protest A Probeer zijn capaciteiten volledig te beoordelen!
Protest Gerelateerde software