 | PypedaalManipuleer uw stambomen met deze toepassing |
| Download nu | |
Pypedaal Rangschikking & Samenvatting
Advertentie
Pypedaal Tags
Pypedaal Beschrijving
PYPEDAL is ontworpen als Python-module die instrumenten moet bieden voor de manipulatie van stambomen. De verstrekte gereedschappen kan ook eenvoudige visualisatie van stambomen en de berekening van de maatregelen van genetische diversiteit van pedigrees bieden. Belangrijkste kenmerken: Pedigree-bestanden lezen in door de gebruiker gedefinieerde indelingen Pedigree-integriteit controleren (dubbele ID's, ouders jonger dan nakomelingen, enz.) Samenvattingsinformatie genereren, zoals frequentie van uiterlijk in het stamboombestand opnieuw ordenen en hernummeren van stamboombestanden Berekening van de tellerrelatie-matrix (A) van een stamboombestand met behulp van de tabulaire methode inteeltberekeningen voor grote stambomen berekening van gemiddelde totale en gemiddelde individuele coëfficiënten van inteelt en relatie berekening van coëfficiënten van gedeeltelijke inteelt met behulp van een iteratieve tabelmethode (Lacy, 1996; Gulisija, 2006) berekening van coëfficiënten van voorouderlijke inteelt met behulp van de methoden van Ballou (1997) of Suwanlee et al. (2007) Berekening van theoretische en werkelijke effectieve populatiegroottes Berekening van effectief oprichternummer met behulp van het exacte algoritme van Lacy Berekening van effectief oprichternummer met behulp van het geschatte algoritme van Boichard et al. berekening van effectief vooroudernummer met behulp van de algoritmen van Boichard et al. selectie van subpedigigies met alle voorouders van een dier identificatie van de gemeenschappelijke familieleden van twee dieren berekening van de inteelt van nakomelingen van een potentiële paring uitvoer naar ASCII-tekstbestanden, inclusief matrices, coëfficiënten van inteelt en relatie, en samenvattinginformatie invoer en export van GEDCOM 5.5 Bestanden invoer en export van genen 1.20 (DBASE III) Bestanden Pedigrees laden van, en opslaan naar, MySQL, PostGres en SQLITE-databases simulatie van stambomen met behulp van een algoritme afgeleid van dat in Matvec 1.1a
Pypedaal Gerelateerde software
