Robin Een eenvoudig te gebruiken microarray-gegevens Preprocessor die alle gewone microarray-platforms ondersteunt
Download nu

Robin Rangschikking & Samenvatting

Robin Tags

analyse C preprocessor uitbreiding preprocessor Hypertext Preprocessor Code PreProcessor Preprocessor-applicatie tekst preprocessor C-code preprocessor preprocessorinstructies HTML PREPROCESSOR preprocessor Elements Pascal PreProcessor genexpressie microarray microarraygegevens analyseren microarray data analyzer Microarray Gene-analyse microarray-sonde microarray Microarray info extractor Microarray-analyse microarray layout converter microarray-experiment anlayzer data preprocessor microarray data microarray-cluster Two-Dye Microarray-datasets microarray gegevensanalyse classificeren microarray-gegevens Phylochip microarray DNA microarray SQL PreProcessor

Robin Beschrijving

Momenteel zijn verschillende commerciële programma's zoals Genesspring met een rijke en eenvoudige gebruikersinterface om microarrays statistisch te analyseren. Dit zijn echter meestal erg duur en kunnen zelfs een jaarlijks abonnement vereisen Aan de andere kant zijn er gratis, open source-tools, zoals bioconductor die gratis aanbieden met statistische opties en ondersteuning, maar deze kracht komt vaak tegen de prijs van de bruikbaarheid, aangezien deze hulpmiddelen vaak alleen een opdrachtregelinterface of uitsluitend zijn Basisgebruikersinteractie. Ten slotte zijn er hulpmiddelen zoals RMA Express die een rijke gebruikersinterface bieden, maar slechts een zeer beperkte reeks opties. Robin probeert deze kloof te overbruggen door een flexibele gebruikersvriendelijke grafische interface te bieden om de kracht van R / Bioconductor voor de individuele bioloog te ontketenen. ROBIN wordt geleverd als één installeerbaar bestand, dat ook de R- en Bioconductor-frameworks installeert. Momenteel is het gebruik van Robin het mogelijk om Affymetrix-gegevens en generieke tabel twee kleur- of enkelkanaalarray-gegevens te normaliseren met behulp van een reeks verschillende normalisatiemethoden. Bovendien biedt Robin een verscheidenheid aan kwaliteitscontrolemethoden die kunnen worden gebruikt om een overzicht te krijgen van de technische kwaliteit en structuur van experimentele gegevens. Het gebruik van de ingebouwde grafische experimentontwerper kunnen onderzoekers definiëren welke monsters om te vergelijken (zelfs combinaties van monsters mogelijk zijn) en uiteindelijk een uitgebreide reeks tabellen en percelen produceren die gedetailleerde resultaten van het experiment geven, zoals de log-vouwverandering (m), Gemiddelde expressie (a) waarden met een (door de gebruiker instelbare) waarschijnlijkheid voor differentiële expressie. Tabellen die informatie over de top 100 differentieel gereguleerde genen samenvatten en verschillende plots die de kwaliteit van elke chip visualiseren worden ook gegenereerd. De resultaten kunnen direct worden geïmporteerd in MAPMAN en PAGMANMAN voor visualisatie en verdere analyse. Robin brengt u een complete oplossing voor microarray-analyse en gegevensverwerking.

Robin Gerelateerde software