Snoopcgh Een genomische hybridisatie-gegevensviewer.
Download nu

Snoopcgh Rangschikking & Samenvatting

Snoopcgh Tags

kijker visie gegevensviewer ontdekken Meteorology Data Viewer Multidimensionale gegevensviewer Spatial Data Viewer Genomische regio methylatie genomische methylatie geografische data viewer demografische data viewer GRIB-gegevensviewer Modelright Data Viewer Bekijk genomische informatie Analyseer genomische informatie genomische informatie viewer Bekijk genomische gegevens genomische data viewer Ontdek genomische gegevens Experimentele gegevensviewer genomische sequentie van zoogdieren genomische simulator genomische simulatie genomisch BAM Data Viewer Phenotype Data Viewer toegang tot genomische diversiteit Evolutionaire gegevensviewer genomische datasimulatie genomische gegevens analyseren genome structuurvariatie Genomische loci Genomic Annotator Clarion Data Viewer

Snoopcgh Beschrijving

Snoopch is een Java Desktop-programma, ontworpen om u te helpen bij het visualiseren en verkennen van vergelijkende genomische hybridisatie (CGH) -gegevens. Met de software kan de gebruiker verschillende verzamelingen gegevens tegelijkertijd analyseren. De invoer is gebaseerd op een tab-, ruimte- of komma-gescheiden formaat, met reeks logintensiteitswaarden die overeenkomen met een of meer vergelijkingen of monsters. Snopph biedt CGH-plots met onbeperkte zoom (in beide assen) die interactief met de muis kunnen worden onderzocht. Het gebruik van meerdere lagen, die kan worden gestapeld en gecombineerd, vergemakkelijkt de visualisatie van de gegevens. Het is mogelijk om meerdere lagen op een plot toe te passen om de CGH-ratio's te filteren of statistische analyse uit te voeren in interessante regio's. Analyse-methoden zijn geïmplementeerd en mogelijk de snelle visualisatie en dissectie van vermoeide structurele variaties (SVS). Gegevens worden met name afgevlakt met behulp van een algoritme op basis van Haarwavelets en worden eilanden van potentiële SV's geschat met behulp van SW-array. We verwijderen uitbijters voorafgaand aan de schatting om de robuustheid te vergroten en niveaus van statistische significantie en robuustheid van vermeende SV's te schappen met behulp van permutaties. Deze kwantificering van vermeende SV's leidt tot een vermogen om de interessante regio's te rangschikken. Andere SV Detection-algoritmen kunnen in de toekomst worden geïntegreerd. Een krachtig kenmerk van Snoopch is het vermogen om te interface met downloadbare annotatiebestanden van genomische browsers, die informatie omvatten op gennamen en genomische kenmerken. De gebruiker heeft een visuele weergave van de annotaties aan de voet van het perceel en kan gemakkelijk toegang krijgen tot gedetailleerde tekstuele informatie door op hen of door tekstuele zoekopdracht te klikken. Directe links naar de belangrijkste genomische browsers zijn opgenomen.

Snoopcgh Gerelateerde software