Steenkool Een kleine tool voor het berekenen van gentboom-kansen
Download nu

Steenkool Rangschikking & Samenvatting

Steenkool Tags

formule Topologie gen Steenkool-uitstervencalculator Consumptiegroei Steenkooluitwijking Lie Algebra Tool Leugen algebra gen

Steenkool Beschrijving

Kolenprogramma werd ontwikkeld om een klein gereedschap te zijn voor het berekenen van gentboom-kansen en het simuleren van genbomen in soortenbomen onder het coalescentiemodel. Belangrijkste kenmerken: berekent de kansen van geniboomtopologieën die een vaste soortenboom met taklengtes zijn opgegeven in coalescentie-eenheden (aantal generaties gedeeld door tweemaal de effectieve bevolkingsgrootte voor een diploïde bevolking). Beide bomen worden verondersteld te worden gespeeld, hoewel de lengtes van de soort boomtakken kunnen worden ingesteld op nul om dit te ronden. Multiple (of nul) personen die in de soort worden gesampled, zijn toegestaan, maar de notatie is specifiek; Labels voor individuen moeten de soort naam zijn gevolgd door een koppelteken, dan een getal. Als A, als A een soortnaam is, dan moeten genen van A-A-1, A-2, enz. worden genoemd. Er zijn drie invoerbestanden: een soortstructuurbestand met soortenbomen in Newick-formaat; een genibebestand, met genbomen in Newick-formaat; en een invoerbestand met opdrachten inclusief de namen van soorten en genstructuurbestanden, het aantal taxa en opties voor uitvoer. Uitgangsopties laten coalescentiegeschiedenis toe om te worden vermeld of niet. Als dat het geval is, kunnen symbolische formules voor geniboom-kansen worden gegeven in termen van P_ {UV} -voorwaarden (zie papier). Andere opties omvatten het afdrukken van de genentopologie, het berekenen van cumulatieve kansen voor genbomen binnen elke soort boom, en het tellen van het aantal coalescentiegeschiedenis. Zie het Help-bestand voor verschillende opties. Gene-bomen kunnen worden gesimuleerd in soortenbomen. Momenteel is dit beperkt tot het geval van het één gen per soort en vereist constante populatormaten in de soortstructuur. Gene-bomen worden gegenereerd, zodat de subbomen uniek worden gedraaid. Als ((a, b), c) bijvoorbeeld een substructuur is, (C, (a, b)) wordt niet gegenereerd.

Steenkool Gerelateerde software