 | Sweblastverdeelt een query-sequentie of sequenties |
| Download nu | |
Sweblast Rangschikking & Samenvatting
Advertentie
Sweblast Tags
Sweblast Beschrijving
SWEBLAST (Sliding Window Web-based Blast) is een opdrachtregelprogramma geschreven in PERL voor gebruik op Windows, Linux en Mac. Het hoofdbestanddeel van SWEBLAST.PL, zal een querysequentie delen, of sequenties, die in een FASTA-indeling zijn meegeleverd, in een reeks van sub-beleefde lengte en overlapping en verzendt deze achtereenvolgens naar de Blast-faciliteit van Genbank. De zoekresultaten worden in een enkel bestand, Blast.txt, in een submap weergegeven. Dit wordt geanalyseerd door de tweede component, sweblast_parser.pl en de resultaten in een submap zetten als een reeks CSV-bestanden die moeten worden onderzocht met behulp van een standaard spreadsheetprogramma, zoals Excel. Om naar de beschikbare argumenten of opties te kijken, kan men het programma uitvoeren met behulp van de optie -help Perl Sweblast.pl -Help -Help of -h: Toon dit bericht. -Input of -i: invoer (gegevens) -bestand. -output of -o: uitvoermap (optioneel). -Window of -w: Window Lent standaard 100 (optioneel). -Snel of -S: staplengte - Standaard 50 (optioneel). -Database of -d: Genbank Database die moet worden doorzocht - Standaard NR (optioneel). -Program of -P: Te gebruiken programma: Blastn, Blastp, Blastx - Standaard Blastn (optioneel). -Expect of -e: verwacht (optioneel). -Antrez of -Q: Entrez Query (optioneel) Booleaanse opdracht om de Blast-zoekopdracht te beperken (b.v. "Virus niet aardappelvirus y "). -Parse of -r: om sweblast_parser.pl (optioneel) te bellen. -CUTOFF OR -C: REKKEN HITS met een grotere e-waarde (optioneel). Of gebruik het interactieve menu door het programma zonder argumenten uit te voeren en de prompt te volgen: perl sweblast.pl
Sweblast Gerelateerde software
Patrooneditor
Een nuttige, betrouwbare en praktische software-oplossing die in gebruik komt voor gebruikers die willen maken, de ... ...
1.4 MB
