Tagsorter TAGSORTER is een databaseprogramma gebouwd om de collatie, sortering, vergelijking en identificatie van sage tag-sequenties te vereenvoudigen
Download nu

Tagsorter Rangschikking & Samenvatting

Tagsorter Tags

label database databasebeheerder sorteerder Sage Extension Collatie

Tagsorter Beschrijving

Tagsorter is een databaseprogramma gebouwd om de collatie, sortering, vergelijking en identificatie van sage tag-sequenties te vereenvoudigen. Seriële analyse van genexpressie (Sage) is een hoge doorvoertechniek voor het meten van genexpressieprofielen (Velculescu et al, 1995). Het onthult zowel de identiteit van transcripties uitgesproken als hun relatieve overvloed. Het kan ook worden gebruikt als een middel van genont tezen. Gebruik van Sage is gestaag gegroeid sinds de uitvinding in 1995 en genexpressieprofielen zijn gegenereerd uit een verscheidenheid aan weefsels en organismen. Een kort overzicht van de SAGE-techniek is als volgt. Messenger RNA wordt geoogst van het experimentele weefsel en wordt omgezet in het dubbele gestrande cDNA zodanig dat de polya-staart van elk bericht biotine is gelabeld. Dit cDNA wordt gedigereerd met het restrictie-enzym NLAIII en het gebruik van het biotinetiket De 3'-meest NLAIII-digestieproducten worden vastgelegd. Een BSMFI-restrictie-site-adapter wordt vervolgens aan deze fragmenten geligeerd. BSMFI splitst DNA op een positie ongeveer 14 basispaar van zijn erkenningsplaats. Dit resulteert in korte uitgesproken sequentietags (EST) van een gedefinieerde positie binnen elk van de mRNA-transcripten die in het oorspronkelijke weefsel aanwezig zijn. Deze fragmenten worden vervolgens samen geligeerd om een concatemer van Est's te vormen die worden gekloneerd in een standaard plasmidevector en de sequenced. Elke kloon kan identificerende tags bevatten voor maximaal zestig mRNA-transcripties. Aangezien de relatieve positie van elke tag bekend is en ze bestaan uit 10 base-paren van nieuwe sequentie, zodra de NLAIII-site is uitgesloten, identificeert dat uniek het mRNA-transcript waaruit zij zijn gegenereerd.

Tagsorter Gerelateerde software