mmass Verschillende modules en gereedschappen voor eiwitsequentieafhandeling en massaspectruminterpretatie
Download nu

mmass Rangschikking & Samenvatting

mmass Tags

analyse kijker gegevensanalyse Beeldinterpretatie interpretatie Astrologische interpretatie eiwitsequentie consensussequentie van eiwitten massaspectrometrisch spectrum kijker spectrometrometrisch Analyse eiwitsequentie Genereer eiwit sequence-logo Eiwitsequentie logo maker Bekijk eiwit sequence-logo Vergelijk eiwitsequentie bekijk de eiwitsequentie Eiwitsequentie visualisatie Download eiwitsequentie Eiwitsequentie Downloader Grijpeiwitsequentie Lijn de eiwitsequentie uit Eiwitsequentie uitlijning Mass Spectrum Viewer

mmass Beschrijving

Programma MMASS presenteert een open source multi-platformpakket van eenvoudige hulpmiddelen voor massaspectrometrische gegevensanalyse. De MMASS-toepassing bestaat uit verschillende modules en gereedschappen voor eiwitsequentieafhandeling en massaspectruminterpretatie met focus op gemeenschappelijke proteomische taken. Belangrijkste kenmerken: Multiple Format Support: MMASS ondersteunt verschillende massaspectrometrie-indelingen, zoals MZDATA en MZXML. Massaspectra of pieklijstgegevens kunnen ook eenvoudig worden geïmporteerd uit eenvoudige ASCII-bestanden bestaande uit twee kolommen (M / Z-waarden en intensiteitswaarden) gescheiden door een tabblad, ruimte, komma of puntkomma. Daarnaast is er een ondersteuning voor inheemse gegevens van Bruker Daltonic Flex Series-instrumenten. Een van de populaire kenmerken van MMASS is de mogelijkheid om een leeg document te openen en de pieklijst handmatig te maken. Deze functie is in het bijzonder bruikbaar in die gevallen waarin het spectrumbeeld of de gedrukte lijst van gemerkte pieken alleen beschikbaar is. Gegevensverwerking: Ten slotte zijn er verwerkingsfuncties zoals automatische piekplukken, deisotoping, baselinecorrectie en glading. Kalibratie: Twee methoden zijn beschikbaar voor gegevensrecalibratie. Interne kalibratie is de klassieke kalibratiemethode, met behulp van interne referentiewaarden. Uitgebreide lijst met interne referentiewaarden is beschikbaar en nieuwe waarden kunnen eenvoudig worden toegevoegd. Statistische kalibratie, soms zelfkalibratie genoemd, is een speciale methode beschikbaar voor peptide-massaspectra. Voor beide methoden kan lineaire of kwadratische fitting worden gebruikt. Sequence Tools: MMASS biedt een interne sequentie-editor, die kan worden gebruikt om een eiwit- of peptidesequentie beschikbaar te maken voor andere modules. Elke wijziging kan worden toegepast, evenals vast of variabele. Eiwit Digest-tool kan worden gebruikt om een lijst met peptiden te genereren die het gevolg zijn van in silico-enzymatische of chemische digestie van gespecificeerde eiwitsequentie. Evenzo genereert peptide-fragmentatietool een lijst met gemeenschappelijke peptidefragmenten. In beide gevallen worden alle mogelijke combinaties van variabele wijzigingen berekend en kan het resultaat eenvoudig worden vergeleken met gemeten gegevens. Bovendien kan sequentie worden doorzocht naar een specifieke peptide-massa per sequentiezoektool om niet-specifieke splitsing te identificeren, enz. Massalcalculator: Massalcalculatorgereedschap kan worden gebruikt om de isotopische patroon van gegeven formule en gegenereerde profielspectrum te simuleren, kan eenvoudig worden vergeleken met echte gegevens. Samenvatting: Samenvatting Search Tool kan worden gebruikt om te zoeken naar een door de gebruiker opgegeven verbinding in het spectrum. Elke verbinding wordt gespecificeerd als moleculaire formule, dus beide monoisotopische of gemiddelde massa kan bij elke lading zoeken. Bovendien kunnen sommige adducten ook worden doorzocht. Piekverschillen: De interpretatie van massaspectra omvat typisch een schijnbaar nooit eindigende controle van de verschillen tussen alle pieken in een spectrum. Het Tool van de Piekverschillen is echter in staat om eenvoudigweg een tabel te genereren met alle verschillen tussen de pieken in de pieklijst. Deze tabel kan vervolgens worden gebruikt om automatisch te vergelijken, binnen een gespecificeerde tolerantie, elk verschil met de respectieve massa's van alle aminozuren, berekende difeptiden of gespecificeerde massale waarde. Mascotte Zoeken: Hoewel massaspectrometrie een zeer populaire tool is voor eiwitidentificatie, zou het niet mogelijk zijn zonder de tools die in het algemeen online beschikbaar zijn. MMASS biedt een interface waarmee gegevens rechtstreeks naar de drie hoofdgereedschap beschikbaar zijn die beschikbaar zijn op de MASCOT-website; Peptide Mass Fingerprint, Sequence Query en MS / MS ION-zoekopdracht.

mmass Gerelateerde software