De uea kleine RNA-werkbank Suite van gereedschappen voor het analyseren van kleine RNA-gegevens van de volgende generatie sequencing-apparaten
Download nu

De uea kleine RNA-werkbank Rangschikking & Samenvatting

De uea kleine RNA-werkbank Tags

De uea kleine RNA-werkbank Beschrijving

De UEA Small RNA Workbench is een applicatie die is ontwikkeld om biologen te helpen analyseren van single- of meermonster SRNA-gegevens van planten en dieren. U kunt deze toepassing gebruiken om interessante bezienswaardigheden te identificeren (zoals detectie van nieuwe micro-RNA-sequenties) of andere taken zoals profilering van kleine RNA-expressiepatronen in genetische gegevens. Belangrijkste kenmerken: -adapterverwijderaar: verwijdert adaptersfragmenten van onbewerkte korte leessequentiegegevens en voert gegevens uit naar FASTA-formaat. Filter: produceert een gefilterde versie van een SRNA-dataset, die wordt bestuurd door verschillende door de gebruiker gedefinieerde criteria, waaronder sequentielengte, overvloed, complexiteit, overdracht en ribosomale RNA-verwijdering. MIRCAT (MIRNA Categorisering): voorspelt Rijpe MIRNA's en hun voorlopers van een SRNA-dataset en een genoom. Siloco (korte interfererende RNA-locusvergelijking): vergelijkt SRNA-expressieniveaus in meerdere monsters door SRNA's te groeperen in LOCI op basis van genomische locatie. TA-SIRNNA (Trans-handelende korte interfererende RNA): voorspelling van gefaseerde TA-SIRNA's in Plant SRNA-datasets. MIRPROF (MIRNA-profiler): bepaalt genormaliseerde expressieniveaus van SRNA's die overeenkomen met MIRNA's in Mirbase. haarspeld annotatie: genereert een secundaire structuur van een RNA-sequentie en markeert de interessegebieden met RNAPLOT. VISSR (visualisatie van SRNA's): genereer een visuele weergave van SRNA's en door de gebruiker geïmporteerde genomische kenmerken. PARESSNIP: Identificeer MIRNA-doelstellingen die blijkt uit de Degradome

De uea kleine RNA-werkbank Gerelateerde software