Gedi-Admx

Genotype-foutdetectie en imputatie voor gemengde populaties
Download nu

Gedi-Admx Rangschikking & Samenvatting

Advertentie

  • Rating:
  • Vergunning:
  • Freeware
  • Naam uitgever:
  • Bioinformatics Lab
  • Besturingssystemen:
  • Windows All
  • Bestandsgrootte:
  • 7.3 MB

Gedi-Admx Tags


Gedi-Admx Beschrijving

GEDI-ADMX is een aanvraag die is gebouwd om genotype-gegevens van niet-gerelateerde personen te behandelen. Lokale Ancestry-gevolgtrekking maakt gebruik van een faculteit HMMS getraind op voorouderlijke haplotypen om genotypen op alle getypte SNP LOCI onder elke mogelijke lokale voorouders te impueren. GEDI-ADMX wijst aan elke locus de lokale afkomst die de hoogste imputaire nauwkeurigheid oplevert, zoals beoordeeld met behulp van een gewogen stemschema op basis van meerdere SNP-vensters gecentreerd op de plaats van belangstelling. Foutdetectie en imputatie van ontbrekende genotypen bij getypte SNP's wordt uitgevoerd met behulp van Multilocus Genotype-kansen berekend op basis van het factoriële HMM dat overeenkomt met de afgeleide lokale voorouders. Imputatie van genotypen bij elke niet-geveerde SNP wordt uitgevoerd op basis van posterieure genotype-kansen die worden berekend met behulp van een soortgelijke faculteit Hmm spanning k (standaard k = 10) getypt SNPS voor en na de toegerekende locus. Het GEDI-ADMX-pakket biedt methoden voor: · Lokale afkomstige gevolgtrekking · SNP GENOTYPE FOUT DETECTIE EN CORRECTIE · Imputatie van ontbrekende genotypen bij getypte SNP's, en · Imputatie van genotypen bij niet-gevetteerde SNP's.


Gedi-Admx Gerelateerde software

Over ons